Dear Gromacs&#39;s users!<br><br><br>I&#39;d like to simulate some membrane proteins in their native environment.<br><br>Recently I&#39;ve found a good tutotial of the same simulation of the KALP peptide in DPPC membrane (<a href="http://www.bevanlab.biochem.vt.edu/Pages/Personal/justin/gmx-tutorials/membrane_protein/index.html">http://www.bevanlab.biochem.vt.edu/Pages/Personal/justin/gmx-tutorials/membrane_protein/index.html</a>).<br>
<br>Is there  someone who have also tried to make thit tutorial ?<br>First of all its very intresting for me the positioning of the protein in the membrane via specific  perl script called infrategro. What values for the cutoff radius as well as <font face="Arial"><font size="3">measurements of</font></font>  the <font face="Arial"><font size="3">area per lipid  are most adequate for different membrane proteins?<br>
<br>Could you also tell me some alternative ways of full algorithm of the protein insertion in the membrane?<br><br><br>Thanks,<br><br>James<br></font></font>