Justin, hello!<br><br>In the algorthm presented in the tutorial there is one inconvenience that is many iterations of the shrinking/minimization of the protein ( e.g if i&#39;d like to obrain good value for S per lipid for my structure). Is there any way to make this process automated ? ( e.g some program wich could do all of those operations untill defined value for some magnitudes would be reached )<br>
<br>Also I&#39;d like to ask about g_membed. As I&#39;ve understood for that program I need in merged pdb struture ( consist of my peptide inserted in the membrane ) as well as merged topology. Is there any way to prepare this data exept the way presented in your tutorial ? (<a href="http://www.bevanlab.biochem.vt.edu/Pages/Personal/justin/gmx-tutorials/membrane_protein/03_solvate.html">http://www.bevanlab.biochem.vt.edu/Pages/Personal/justin/gmx-tutorials/membrane_protein/03_solvate.html</a> )<br>
<br>E.g I&#39;ve heard that this could also be done via PyMol. Where I could find example of such preparation ?<br><br><br>Thanks for your help,<br>James<br><br><div class="gmail_quote">2011/10/15 Justin A. Lemkul <span dir="ltr">&lt;<a href="mailto:jalemkul@vt.edu">jalemkul@vt.edu</a>&gt;</span><br>
<blockquote class="gmail_quote" style="margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); padding-left: 1ex;"><div class="im"><br>
<br>
James Starlight wrote:<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); padding-left: 1ex;">
Dear Gromacs&#39;s users!<br>
<br>
<br>
I&#39;d like to simulate some membrane proteins in their native environment.<br>
<br>
Recently I&#39;ve found a good tutotial of the same simulation of the KALP peptide in DPPC membrane (<a href="http://www.bevanlab.biochem.vt.edu/Pages/Personal/justin/gmx-tutorials/membrane_protein/index.html" target="_blank">http://www.bevanlab.biochem.<u></u>vt.edu/Pages/Personal/justin/<u></u>gmx-tutorials/membrane_<u></u>protein/index.html</a>).<br>

<br>
Is there  someone who have also tried to make thit tutorial ?<br>
</blockquote>
<br></div>
Yes, per our server logs, several hundred people have :)<div class="im"><br>
<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); padding-left: 1ex;">
First of all its very intresting for me the positioning of the protein in the membrane via specific  perl script called infrategro. What values for the cutoff radius as well as measurements of  the area per lipid  are most adequate for different membrane proteins?<br>

<br>
</blockquote>
<br></div>
The ones given in the tutorial work quite well.  They are the defaults suggested by the developers of InflateGRO.<div class="im"><br>
<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); padding-left: 1ex;">
Could you also tell me some alternative ways of full algorithm of the protein insertion in the membrane?<br>
<br>
<br>
</blockquote>
<br></div>
Careful use of genbox (but will require significantly more equilibration as there will be large gaps), or g_membed.<br>
<br>
-Justin<br>
<br>
-- <br>
==============================<u></u>==========<br>
<br>
Justin A. Lemkul<br>
Ph.D. Candidate<br>
ICTAS Doctoral Scholar<br>
MILES-IGERT Trainee<br>
Department of Biochemistry<br>
Virginia Tech<br>
Blacksburg, VA<br>
jalemkul[at]<a href="http://vt.edu" target="_blank">vt.edu</a> | (540) 231-9080<br>
<a href="http://www.bevanlab.biochem.vt.edu/Pages/Personal/justin" target="_blank">http://www.bevanlab.biochem.<u></u>vt.edu/Pages/Personal/justin</a><br>
<br>
==============================<u></u>==========<br><font color="#888888">
-- <br>
gmx-users mailing list    <a href="mailto:gmx-users@gromacs.org" target="_blank">gmx-users@gromacs.org</a><br>
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</font></blockquote></div><br>