<html>
  <head>
    <meta content="text/html; charset=ISO-8859-1"
      http-equiv="Content-Type">
  </head>
  <body bgcolor="#FFFFFF" text="#000000">
    On 16/10/2011 4:31 AM, James Starlight wrote:
    <blockquote
cite="mid:CAALQopwLdbNKEw_HRTaq873R2O4ddgd2APggvEHxCzJXS-iEZw@mail.gmail.com"
      type="cite">Thanks<br>
      It's&nbsp; works fine but I'venot find significant increasing in the
      simulation speed :)<br>
    </blockquote>
    <br>
    If you've configured with threads, then executing mdrun will spawn
    as many threads as you have physical cores. This will speed up the
    calculation so long as it runs for more than a few seconds.<br>
    <br>
    <blockquote
cite="mid:CAALQopwLdbNKEw_HRTaq873R2O4ddgd2APggvEHxCzJXS-iEZw@mail.gmail.com"
      type="cite">but I'd also to test MPI. Could you tell me what
      exactly ( MPI or threading) might provide better productivity in
      case of big heterogenious system ( e.g protein in membrane )?<br>
    </blockquote>
    <br>
    It depends. MPI is required if your processors are not on the same
    piece of silicon, and is almost as good as threading if they are.
    Threading works if they are.<br>
    <br>
    Mark<br>
    <br>
    <blockquote
cite="mid:CAALQopwLdbNKEw_HRTaq873R2O4ddgd2APggvEHxCzJXS-iEZw@mail.gmail.com"
      type="cite">
      <br>
      <br>
      James<br>
      <br>
      <div class="gmail_quote">2011/10/15 lina <span dir="ltr">&lt;<a
            moz-do-not-send="true" href="mailto:lina.lastname@gmail.com">lina.lastname@gmail.com</a>&gt;</span><br>
        <blockquote class="gmail_quote" style="margin: 0pt 0pt 0pt
          0.8ex; border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204);
          padding-left: 1ex;">
          <div>
            <div class="h5">On Sat, Oct 15, 2011 at 2:58 AM, James
              Starlight &lt;<a moz-do-not-send="true"
                href="mailto:jmsstarlight@gmail.com">jmsstarlight@gmail.com</a>&gt;
              wrote:<br>
              &gt; Dear Gromacs users!<br>
              &gt;<br>
              &gt; I have couple of questions about some Gromacs
              features.<br>
              &gt;<br>
              &gt;<br>
              &gt; 1- I'm looking for tutorial where I could find clear
              example of&nbsp; force fied<br>
              &gt; based Normal Mode Analysis via Gromacs<br>
              &gt;<br>
              &gt; E.g on first step I would like to prepare structure
              of my protein in<br>
              &gt; pereodic boundary conditions and conduct energy
              minimization ( I've already<br>
              &gt; can do it). Next I'd like to conduct full-atomic
              Normal Mode analysis and<br>
              &gt; obtain motion trajectories along some lowest
              frequency modes for futher<br>
              &gt; visualization in VMD. Finally I'd like to obtain
              information about<br>
              &gt; frequencies ( eigenvalues) of each mode as well as
              frequencies of each<br>
              &gt; residue fluctuations along different modes.<br>
              &gt;<br>
              &gt;<br>
              &gt; 2- Also I'm looking for possible ways to enhanse
              Gromacs efficiency eg via<br>
              &gt; ussage of multi cores of my CPU. I've found possible
              sillution via MPI<br>
              &gt; function but this way dowsnt work in my case. How I
              can activate<br>
              &gt; hyperthreading function as well as other possible
              ways ?<br>
              <br>
            </div>
          </div>
          If you installed from src, during configure<br>
          --enable-threads<br>
          <br>
          if you installed via some package management tools, I guess
          they would<br>
          install this way by default.<br>
          <br>
          try:<br>
          <br>
          mdrun -t<br>
          <div class="im"><br>
            &gt;<br>
            &gt;<br>
            &gt; Thank you for your help<br>
            &gt;<br>
            &gt; James<br>
            &gt;<br>
          </div>
          &gt; --<br>
          &gt; gmx-users mailing list &nbsp; &nbsp;<a moz-do-not-send="true"
            href="mailto:gmx-users@gromacs.org">gmx-users@gromacs.org</a><br>
          &gt; <a moz-do-not-send="true"
            href="http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users"
            target="_blank">http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br>
          &gt; Please search the archive at<br>
          &gt; <a moz-do-not-send="true"
            href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/Search"
            target="_blank">http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/Search</a>
          before posting!<br>
          &gt; Please don't post (un)subscribe requests to the list. Use
          the<br>
          &gt; www interface or send it to <a moz-do-not-send="true"
            href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org">gmx-users-request@gromacs.org</a>.<br>
          &gt; Can't post? Read <a moz-do-not-send="true"
            href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists"
            target="_blank">http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists</a><br>
          &gt;<br>
          <font color="#888888">--<br>
            gmx-users mailing list &nbsp; &nbsp;<a moz-do-not-send="true"
              href="mailto:gmx-users@gromacs.org">gmx-users@gromacs.org</a><br>
            <a moz-do-not-send="true"
              href="http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users"
              target="_blank">http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br>
            Please search the archive at <a moz-do-not-send="true"
              href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/Search"
              target="_blank">http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/Search</a>
            before posting!<br>
            Please don't post (un)subscribe requests to the list. Use
            the<br>
            www interface or send it to <a moz-do-not-send="true"
              href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org">gmx-users-request@gromacs.org</a>.<br>
            Can't post? Read <a moz-do-not-send="true"
              href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists"
              target="_blank">http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists</a><br>
          </font></blockquote>
      </div>
      <br>
      <br>
      <fieldset class="mimeAttachmentHeader"></fieldset>
      <br>
    </blockquote>
    <br>
  </body>
</html>