<p>Hey :)</p>
<p>The reference plays no role in centering. But I guess that Nilesh expects centering of the solute w.r.t. to the solvent, or is looking at the wrong center (tric/rect).</p>
<p>Cheers,</p>
<p>Tsjerk</p>
<p><blockquote type="cite">On Oct 17, 2011 7:06 PM, &quot;Justin A. Lemkul&quot; &lt;<a href="mailto:jalemkul@vt.edu">jalemkul@vt.edu</a>&gt; wrote:<br><br><p><font color="#500050">

Nilesh Dhumal wrote:
&gt;
&gt; Thanks Justin,
&gt;
&gt; Still solute is not at center.
&gt;

</font></p>
Is your reference frame (i.e. the .tpr file) centered?  If not, centering likely won&#39;t work as desired.  I assumed that it was centered, per normal system building procedures.<br><font color="#888888">
<br>
-Justin</font><p><font color="#500050">

&gt; Nilesh
&gt;
&gt;
&gt; On Mon, October 17, 2011 11:27 am, Justin A. Lemkul wrote:
&gt;
&gt;&gt; Nilesh Dhumal wrote...</font></p></blockquote></p>