Dear Justin,<br><br>After 20 iterations I&#39;ve obtained structure like this <a href="http://www.sendspace.com/file/gyyj38">http://www.sendspace.com/file/gyyj38</a><br><br><br>I suppose that this variat is more closely to correct form :)<br>
<br>But during solvation via GenBox I&#39;ve obtained that error<br><br>One of the box vectors has become shorter than twice the cut-off length or box_yy-|box_zy| or box_zz has become smaller than the cut-off.<br><br>Where I can change that cut-off distance?<br>
<br><br>James<br><br><br><div class="gmail_quote">2011/10/17 Justin A. Lemkul <span dir="ltr">&lt;<a href="mailto:jalemkul@vt.edu">jalemkul@vt.edu</a>&gt;</span><br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex;">
<br>
<br>
James Starlight wrote:<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div class="im">
Ok, James thank you<br>
<br>
It seems that I should to wite some script for too many iterations e.g<br>
<br></div>
perl <a href="http://inflategro.pl" target="_blank">inflategro.pl</a> &lt;<a href="http://inflategro.pl" target="_blank">http://inflategro.pl</a>&gt; minimized1.gro 0.95 DPPC 0 shrinked1.gro 5 area_shrink1.dat<div class="im">
<br>
<br>
grompp -f minim.mdp -c shrinked1.gro -p topol.top -o minimized2.tpr<br>
<br>
mdrun -v -deffnm minimized2<br>
<br></div>
perl <a href="http://inflategro.pl" target="_blank">inflategro.pl</a> &lt;<a href="http://inflategro.pl" target="_blank">http://inflategro.pl</a>&gt; minimized2.gro 0.95 DPPC 0 shrinked2.gro 5 area_shrink1.dat<div class="im">
<br>
<br>
grompp -f minim.mdp -c shrinked2.gro -p topol.top -o minimized3.tpr<br>
<br>
mdrun -v -deffnm minimized2<br>
<br>
......<br>
<br></div>
perl <a href="http://inflategro.pl" target="_blank">inflategro.pl</a> &lt;<a href="http://inflategro.pl" target="_blank">http://inflategro.pl</a>&gt; minimized20.gro 0.95 DPPC 0 shrinked20.gro 5 area_shrink1.dat<div class="im">
<br>
<br>
grompp -f minim.mdp -c shrinked20.gro -p topol.top -o minimized21.tpr<br>
<br>
mdrun -v -deffnm minimized21<br>
<br>
</div></blockquote>
<br>
All of which can be done in a for-loop instead of typing it out manually.<div class="im"><br>
<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">
Does this action sequence correct? So as the consequence I need to find operator wich stop the script untill defined value of S per lipid will be reached<br>
<br>
</blockquote>
<br></div>
Yes.  You can read that value from the screen or from the area.dat file that <a href="http://inflategro.pl" target="_blank">inflategro.pl</a> prints.<div><div></div><div class="h5"><br>
<br>
-Justin<br>
<br>
-- <br>
==============================<u></u>==========<br>
<br>
Justin A. Lemkul<br>
Ph.D. Candidate<br>
ICTAS Doctoral Scholar<br>
MILES-IGERT Trainee<br>
Department of Biochemistry<br>
Virginia Tech<br>
Blacksburg, VA<br>
jalemkul[at]<a href="http://vt.edu" target="_blank">vt.edu</a> | (540) 231-9080<br>
<a href="http://www.bevanlab.biochem.vt.edu/Pages/Personal/justin" target="_blank">http://www.bevanlab.biochem.<u></u>vt.edu/Pages/Personal/justin</a><br>
<br>
==============================<u></u>==========<br>
-- <br>
gmx-users mailing list    <a href="mailto:gmx-users@gromacs.org" target="_blank">gmx-users@gromacs.org</a><br>
<a href="http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users" target="_blank">http://lists.gromacs.org/<u></u>mailman/listinfo/gmx-users</a><br>
Please search the archive at <a href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/Search" target="_blank">http://www.gromacs.org/<u></u>Support/Mailing_Lists/Search</a> before posting!<br>
Please don&#39;t post (un)subscribe requests to the list. Use the www interface or send it to <a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org" target="_blank">gmx-users-request@gromacs.org</a>.<br>
Can&#39;t post? Read <a href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists" target="_blank">http://www.gromacs.org/<u></u>Support/Mailing_Lists</a><br>
</div></div></blockquote></div><br>