<html><head></head><body style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space; "><div><div><br><div><div>On 19/10/2011, at 12:08 PM, Sapna Sarupria wrote:</div><br class="Apple-interchange-newline"><blockquote type="cite"><font class="Apple-style-span" size="3">Dear All,</font>
<div><font class="Apple-style-span" size="3"><br></font></div><div><font class="Apple-style-span" size="3">I have a simulation set up for a mixture of carbon dioxide and water system which runs perfectly on Gromacs 4.0.5 version. I have run these simulations at different temperatures and pressures, from the same starting configuration and the simulation proceeds smoothly in the 4.0.5 version. However, when I use exactly the same files to run the simulation in 4.5.4 version, the system crashes and writes out several pdb files. I was wondering if there is anything specific that has been changed between the two versions. I have pasted the mdp file of the simulations below. Any input will be much appreciated.</font></div>

<div><font class="Apple-style-span" size="3"><br></font></div><div><font class="Apple-style-span" size="3">MDP File&nbsp;</font></div><div><font class="Apple-style-span" size="3"><br></font></div><div><font class="Apple-style-span" size="3"><div>

title &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; = &nbsp;100% occupancy CO2 hydrate ; a string</div><div>cpp &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; = &nbsp;/lib/cpp &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; ; c-preprocessor</div><div>dt &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;= &nbsp;0.002 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;; time step</div><div>nsteps &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;= &nbsp;15000000 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; ; number of steps</div>

<div>nstcomm &nbsp; &nbsp; &nbsp;= &nbsp;10 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; ; reset c.o.m. motion</div><div>nstxout &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;= &nbsp;0000 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;; write coords</div><div>nstvout &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;= &nbsp;0000 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;; write velocities</div><div>
nstlog &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; = &nbsp;25000 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;; print to logfile</div>
<div>nstenergy &nbsp; &nbsp; &nbsp; = &nbsp;500 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;; print energies</div><div>xtc_grps &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;= &nbsp;OW_HW1_HW2_CO2&nbsp;</div><div>nstxtcout &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; = &nbsp;1000</div><div>nstlist &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; = &nbsp;10 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; ; update pairlist</div>

<div>ns_type &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;= &nbsp;grid &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; ; pairlist method</div><div>coulombtype &nbsp; &nbsp;= &nbsp;PME</div><div>rvdw &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;= &nbsp;1.2 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;; cut-off for vdw</div><div>rcoulomb &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;= &nbsp;1.2 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;; cut-off for coulomb</div>

<div>rlist &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;= &nbsp;1.2 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;; cut-off for coulomb</div><div>DispCorr &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;= &nbsp;EnerPres</div><div>Tcoupl &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;= &nbsp;Nose-Hoover</div><div>ref_t &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;= 270&nbsp;</div><div>tc-grps &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;= &nbsp;System</div>

<div>tau_t &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; = &nbsp;0.5&nbsp;</div><div>Pcoupl &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; = &nbsp;Parrinello-Rahman</div><div>Pcoupltype &nbsp; &nbsp; &nbsp;= &nbsp;semiisotropic &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;; pressure geometry</div><div>tau_p &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;= &nbsp;1.0 &nbsp; 1.0 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;; p-coupoling time</div>

<div>compressibility &nbsp; = &nbsp;4.5e-5 &nbsp;4.5e-5 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; ; compressibility</div><div>ref_p &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; = &nbsp;30.5 &nbsp;30.5 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; ; ref pressure</div><div>gen_vel &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; = &nbsp;yes &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;; generate initial vel</div>

<div>gen_temp &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; = &nbsp;260 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;; initial temperature</div><div>gen_seed &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; = &nbsp;372340 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; ; random seed</div><div>constraint_algorithm = shake</div><div>constraints &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; = &nbsp;all-bonds&nbsp;</div>

<div><br></div></font></div><div><font class="Apple-style-span" size="3">-------</font></div><div><font class="Apple-style-span" size="3"><br></font></div><div><font class="Apple-style-span" size="3"><br></font></div><div>

<font class="Apple-style-span" size="3">Thank you,</font></div><div><font class="Apple-style-span" size="3"><br></font></div><div><font class="Apple-style-span" size="3">Sincerely,</font></div><div><font class="Apple-style-span" size="3">Sapna</font></div>

-- <br>gmx-users mailing list &nbsp;&nbsp;&nbsp;<a href="mailto:gmx-users@gromacs.org">gmx-users@gromacs.org</a><br><a href="http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users">http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br>Please search the archive at http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/Search before posting!<br>Please don't post (un)subscribe requests to the list. Use the <br>www interface or send it to gmx-users-request@gromacs.org.<br>Can't post? Read http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists</blockquote></div><br><div>
-----<br>"In theory, there is no difference between theory and practice. But, in practice, there is." - Jan L.A. van de Snepscheut<br><br>===========================================<br>| Itamar Kass, Ph.D.<br>| Postdoctoral Research Fellow<br>|<br>| Department of Biochemistry and Molecular Biology<br>| Building 77 Clayton Campus<br>| Wellington Road<br>| Monash University,<br>| Victoria 3800<br>| Australia<br>|<br>| Tel: +61 3 9902 9376<br>| Fax: +61 3 9902 9500<br>| E-mail:&nbsp;<a href="mailto:Itamar.Kass@monash.edu">Itamar.Kass@monash.edu</a><br>============================================<br>
</div>
<br></div></div></body></html>