<div style="text-align: left;"><span style="font-family: verdana,sans-serif;">Hi,</span><br style="font-family: verdana,sans-serif;">
<br style="font-family: verdana,sans-serif;"><span style="font-family: verdana,sans-serif;">
I am doing Essential Dynamics on a protein (150 residues). The 
simulation is 100ns long and the RMSD becomes very stable after 25ns.</span><br style="font-family: verdana,sans-serif;"><span style="font-family: verdana,sans-serif;">
I have gone through the mailing list archives but could not find a precise answer to the following question.</span><br style="font-family: verdana,sans-serif;">
<br style="font-family: verdana,sans-serif;"><span style="font-family: verdana,sans-serif;">
When I calculate the cosine content for the first PC by taking the 
average structure for fitting using g_covar it gives a very high value 
~.8.</span><br style="font-family: verdana,sans-serif;"><span style="font-family: verdana,sans-serif;">
But when I change the reference structure to the starting structure then I get a cosine value ~.1.</span><br style="font-family: verdana,sans-serif;">
<br style="font-family: verdana,sans-serif;"><span style="font-family: verdana,sans-serif;">
I also repeated the same by dividing my trajectory into two equal halves
 but the cosine value with average structure as a reference is always 
very high while it is reasonably low with starting structure taken as 
reference.</span><br style="font-family: verdana,sans-serif;">
<br style="font-family: verdana,sans-serif;">
<pre style="font-family: verdana,sans-serif;">My question is why the cosine content is dependent on the fitting<br>structure used in g_covar?  And, especially, which structure is<br>recommended to use in Essential Dynamics analysis ?<br>
<br>Any help is appreciated.<br><br><br>Thanks a lot.<br><br><br>Regards,<br><br>Vivek Modi<br>Graduate Student,<br>IITK.<br></pre></div>