<html>
  <head>
    <meta content="text/html; charset=ISO-8859-1"
      http-equiv="Content-Type">
  </head>
  <body bgcolor="#FFFFFF" text="#000000">
    On 20/10/2011 8:40 AM, Sapna Sarupria wrote:
    <blockquote
cite="mid:CAMUW_Mks-oQYDB47ts-gEY2eA5Orm6P-q-1uhhwmM+Fy6nKS8Q@mail.gmail.com"
      type="cite">Hello,
      <div><br>
      </div>
      <div>I did change nsttcouple and nstpcouple but the simulations
        that run in 4.0.5 are still crashing in 4.5.4. I think it is
        related to constraints but I am unable to figure out exactly
        what is different. I have pasted both my topology and mdp
        (updated for 4.5.4) files. Any ideas? I have read through the
        manual and it seems like the mdp files does not need any
        changes, but perhaps I am missing something.</div>
    </blockquote>
    <br>
    P-R P-coupling is not well-suited to equilibration if you are not
    close to equilibrium. Since you are generating velocities, you are
    likely not close to equilibrium.<br>
    <br>
    I don't see that it is causing a problem, but there is no reason to
    have both SOL and TIP molecule type. They're identical.<br>
    <br>
    Mark<br>
    <br>
    <blockquote
cite="mid:CAMUW_Mks-oQYDB47ts-gEY2eA5Orm6P-q-1uhhwmM+Fy6nKS8Q@mail.gmail.com"
      type="cite">
      <div><br>
      </div>
      <div>Thank you for your help!</div>
      <div><br>
      </div>
      <div>Sincerely,</div>
      <div>Sapna</div>
      <div><br>
      </div>
      <div>@@@@ MDP File @@@@</div>
      <div>
        <div>title &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; = &nbsp;100% occupancy CO2 hydrate ; a
          string</div>
        <div>cpp &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; = &nbsp;/lib/cpp &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; ;
          c-preprocessor</div>
        <div>integrator &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;= md</div>
        <div>dt &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;= &nbsp;0.002 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;; time step</div>
        <div>nsteps &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; = &nbsp;15000000 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; ; number of
          steps</div>
        <div>nstcomm &nbsp; &nbsp; &nbsp; = &nbsp;10 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; ; reset c.o.m.
          motion</div>
        <div>nstxout &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; = &nbsp;0000 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;; write coords</div>
        <div>nstvout &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; = &nbsp;0000 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;; write
          velocities</div>
        <div> nstlog &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; = &nbsp;25000 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;; print to
          logfile</div>
        <div>nstenergy &nbsp; &nbsp; &nbsp; = &nbsp;500 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;; print
          energies</div>
        <div>xtc_grps &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; = &nbsp;OW_HW1_HW2_CO2&nbsp;</div>
        <div>nstxtcout &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;= &nbsp;1000</div>
        <div>nstlist &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; = &nbsp;10 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; ; update
          pairlist</div>
        <div>ns_type &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;= &nbsp;grid &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; ; pairlist
          method</div>
        <div>coulombtype &nbsp; &nbsp;= &nbsp;PME</div>
        <div>rvdw &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;= &nbsp;1.2 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;; cut-off
          for vdw</div>
        <div>rcoulomb &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; = &nbsp;1.2 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;; cut-off for
          coulomb</div>
        <div>rlist &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;= &nbsp;1.2 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;;
          cut-off for coulomb</div>
        <div>DispCorr &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; = &nbsp;EnerPres</div>
        <div>Tcoupl &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; = &nbsp;Nose-Hoover</div>
        <div>ref_t &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; = 270&nbsp;</div>
        <div>tc-grps &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; = &nbsp;System</div>
        <div>tau_t &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; = &nbsp;0.5&nbsp;</div>
        <div>nsttcouple &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;= &nbsp;1</div>
        <div>Pcoupl &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;= &nbsp;Parrinello-Rahman</div>
        <div>Pcoupltype &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;= &nbsp;semiisotropic &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;; pressure
          geometry</div>
        <div>tau_p &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;= &nbsp;1.0 &nbsp; 1.0 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;;
          p-coupoling time</div>
        <div>compressibility &nbsp; = &nbsp;4.5e-5 &nbsp;4.5e-5 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; ;
          compressibility</div>
        <div>ref_p &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; = &nbsp;30.5 &nbsp;30.5 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; ; ref
          pressure</div>
        <div>nstpcouple &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;= &nbsp;1</div>
        <div>gen_vel &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; = &nbsp;yes &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;;
          generate initial vel</div>
        <div>gen_temp &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;= &nbsp;260 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;; initial
          temperature</div>
        <div>gen_seed &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; = &nbsp;372340 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; ; random
          seed</div>
        <div>constraint_algorithm = shake</div>
        <div>constraints &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; = &nbsp;all-bonds&nbsp;</div>
      </div>
      <div>@@@@ end MDP File @@@@</div>
      <div><br>
      </div>
      <div>@@@@ Topology file @@@@</div>
      <div><br>
      </div>
      <div>
        <div>[ defaults ]</div>
        <div>; nbfunc &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;comb-rule &nbsp; &nbsp; &nbsp; gen-pairs &nbsp; &nbsp; &nbsp; fudgeLJ
          fudgeQQ</div>
        <div>&nbsp; 1 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; 2 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; no &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;1.0 &nbsp; &nbsp; 1.0</div>
        <div><br>
        </div>
        <div>[ atomtypes ]</div>
        <div>; name &nbsp; &nbsp; &nbsp;mass &nbsp; &nbsp; &nbsp;charge &nbsp; &nbsp;ptype &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; sigma &nbsp; &nbsp; &nbsp;
          epsilon</div>
        <div>; Water parameters are those of Vega TIP4P/Ice Model</div>
        <div>&nbsp;OWT4 &nbsp; &nbsp; 15.9994 &nbsp; &nbsp; &nbsp;0.0000 &nbsp; &nbsp;A &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;0.31668 &nbsp; &nbsp;
          0.882164429</div>
        <div>&nbsp; HW &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;1.008 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;0.5897 &nbsp; &nbsp;A &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;0.000 &nbsp; &nbsp; &nbsp;
          0.000</div>
        <div>&nbsp; MW &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;0.000 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; -1.1794 &nbsp; &nbsp;V &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;0.000 &nbsp; &nbsp; &nbsp;
          0.000</div>
        <div><br>
        </div>
        <div><br>
        </div>
        <div>; TraPPE &nbsp;rigid</div>
        <div>&nbsp; M2 &nbsp; &nbsp; &nbsp;22.0000 &nbsp; &nbsp; &nbsp; 0.00 &nbsp; &nbsp; &nbsp;A &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;0.000 &nbsp; &nbsp;
          &nbsp;0.000000 ;&nbsp;</div>
        <div>&nbsp; M1 &nbsp; &nbsp; &nbsp;22.0000 &nbsp; &nbsp; &nbsp; 0.00 &nbsp; &nbsp; &nbsp;A &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;0.000 &nbsp; &nbsp;
          &nbsp;0.000000 ;&nbsp;</div>
        <div>&nbsp; DO &nbsp; &nbsp; &nbsp;00.0000 &nbsp; &nbsp; &nbsp;-0.35 &nbsp; &nbsp; &nbsp;V &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;0.305 &nbsp; &nbsp;
          &nbsp;0.656806 ; oxygen</div>
        <div>&nbsp; DC &nbsp; &nbsp; &nbsp;00.0000 &nbsp; &nbsp; &nbsp; 0.70 &nbsp; &nbsp; &nbsp;V <span
            class="Apple-tab-span" style="white-space:pre"> </span> &nbsp;
          0.280 &nbsp; &nbsp; &nbsp;0.224478 ; carbon</div>
        <div><br>
        </div>
        <div><br>
        </div>
        <div>[ moleculetype ]</div>
        <div>; molname &nbsp;nrexcl</div>
        <div>&nbsp; SOL &nbsp; &nbsp; &nbsp; 2</div>
        <div><br>
        </div>
        <div>[ atoms ]</div>
        <div>1 &nbsp; &nbsp; &nbsp; OWT4 &nbsp; &nbsp; &nbsp;1 &nbsp; &nbsp; &nbsp;SOL &nbsp; &nbsp; &nbsp;OW &nbsp; &nbsp; 1 &nbsp; &nbsp; &nbsp; 0.0000</div>
        <div>2 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; HW &nbsp; &nbsp; &nbsp;1 &nbsp; &nbsp; &nbsp; SOL &nbsp; &nbsp; HW1 &nbsp; &nbsp; 1 &nbsp; &nbsp; &nbsp; 0.5897</div>
        <div>3 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; HW &nbsp; &nbsp; &nbsp;1 &nbsp; &nbsp; &nbsp; SOL &nbsp; &nbsp; HW2 &nbsp; &nbsp; 1 &nbsp; &nbsp; &nbsp; 0.5897</div>
        <div>4 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; MW &nbsp; &nbsp; &nbsp;1 &nbsp; &nbsp; &nbsp; SOL &nbsp; &nbsp; &nbsp;MW &nbsp; &nbsp; 1 &nbsp; &nbsp; &nbsp;-1.1794</div>
        <div><br>
        </div>
        <div>[ bonds ]</div>
        <div>; i<span class="Apple-tab-span" style="white-space:pre"> </span>j<span
            class="Apple-tab-span" style="white-space:pre"> </span>funct<span
            class="Apple-tab-span" style="white-space:pre"> </span>length<span
            class="Apple-tab-span" style="white-space:pre"> </span>force.c.</div>
        <div>1<span class="Apple-tab-span" style="white-space:pre"> </span>2<span
            class="Apple-tab-span" style="white-space:pre"> </span> 1<span
            class="Apple-tab-span" style="white-space:pre"> </span> &nbsp;
          0.09572 &nbsp; &nbsp; 502416.0&nbsp;</div>
        <div>1<span class="Apple-tab-span" style="white-space:pre"> </span>3<span
            class="Apple-tab-span" style="white-space:pre"> </span> 1 &nbsp;
          &nbsp; &nbsp; &nbsp;0.09572 &nbsp; &nbsp; 502416.0&nbsp;</div>
        <div>2 &nbsp; &nbsp; &nbsp; 3 &nbsp; &nbsp; &nbsp; 1 &nbsp; &nbsp; &nbsp; 0.15139 &nbsp; &nbsp; 502416.0&nbsp;</div>
        <div><br>
        </div>
        <div>[ exclusions ]</div>
        <div>1 &nbsp; &nbsp;2 &nbsp; &nbsp;3 &nbsp; &nbsp; 4</div>
        <div>2 &nbsp; &nbsp;1 &nbsp; &nbsp;3 &nbsp; &nbsp; 4</div>
        <div>3 &nbsp; &nbsp;1 &nbsp; &nbsp;2 &nbsp; &nbsp; 4</div>
        <div>4 &nbsp; &nbsp;1 &nbsp; &nbsp;2 &nbsp; &nbsp; 3</div>
        <div><br>
        </div>
        <div>; The position of the dummy is computed as follows:</div>
        <div>;</div>
        <div>;<span class="Apple-tab-span" style="white-space:pre"> </span>O</div>
        <div>; &nbsp;<span class="Apple-tab-span" style="white-space:pre"> </span>
          &nbsp; &nbsp; &nbsp;</div>
        <div>;<span class="Apple-tab-span" style="white-space:pre"> </span>
          &nbsp; &nbsp;<span class="Apple-tab-span" style="white-space:pre"> </span>D</div>
        <div>;<span class="Apple-tab-span" style="white-space:pre"> </span>
          &nbsp;</div>
        <div>;<span class="Apple-tab-span" style="white-space:pre"> </span>H<span
            class="Apple-tab-span" style="white-space:pre"> </span>H</div>
        <div>;</div>
        <div>; const = distance (OD) / [ cos (angle(DOH)) <span
            class="Apple-tab-span" style="white-space:pre"> </span>*
          distance (OH) ]</div>
        <div>;<span class="Apple-tab-span" style="white-space:pre"> </span>
          &nbsp;0.01577 nm<span class="Apple-tab-span"
            style="white-space:pre"> </span>/ [ cos (52.26 deg)<span
            class="Apple-tab-span" style="white-space:pre"> </span>*
          0.09572 nm<span class="Apple-tab-span" style="white-space:pre">
          </span>]</div>
        <div><br>
        </div>
        <div>; Dummy pos x4 = x1 + a*(x2-x1) + b*(x3-x1)</div>
        <div><br>
        </div>
        <div>[ virtual_sites3 ]</div>
        <div>; Dummy from<span class="Apple-tab-span"
            style="white-space:pre"> </span>funct<span
            class="Apple-tab-span" style="white-space:pre"> </span>a<span
            class="Apple-tab-span" style="white-space:pre"> </span>b</div>
        <div>4<span class="Apple-tab-span" style="white-space:pre"> </span>1<span
            class="Apple-tab-span" style="white-space:pre"> </span>2<span
            class="Apple-tab-span" style="white-space:pre"> </span>3<span
            class="Apple-tab-span" style="white-space:pre"> </span>1<span
            class="Apple-tab-span" style="white-space:pre"> </span>0.13458335087

          &nbsp; 0.13458335087</div>
        <div><br>
        </div>
        <div>[ moleculetype ]</div>
        <div>; molname &nbsp;nrexcl</div>
        <div>&nbsp; TIP &nbsp; &nbsp; &nbsp; 2</div>
        <div><br>
        </div>
        <div>[ atoms ]</div>
        <div>1 &nbsp; &nbsp; &nbsp; OWT4 &nbsp; &nbsp; &nbsp;1 &nbsp; &nbsp; TIP &nbsp; &nbsp; &nbsp;OW &nbsp; &nbsp; 1 &nbsp; &nbsp; &nbsp; 0.0000</div>
        <div>2 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; HW &nbsp; &nbsp; &nbsp;1 &nbsp; &nbsp; &nbsp; TIP &nbsp; &nbsp; HW1 &nbsp; &nbsp; 1 &nbsp; &nbsp; &nbsp; 0.5897</div>
        <div>3 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; HW &nbsp; &nbsp; &nbsp;1 &nbsp; &nbsp; &nbsp; TIP &nbsp; &nbsp; HW2 &nbsp; &nbsp; 1 &nbsp; &nbsp; &nbsp; 0.5897</div>
        <div>4 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; MW &nbsp; &nbsp; &nbsp;1 &nbsp; &nbsp; &nbsp; TIP &nbsp; &nbsp; &nbsp;MW &nbsp; &nbsp; 1 &nbsp; &nbsp; &nbsp;-1.1794</div>
        <div><br>
        </div>
        <div>[ bonds ]</div>
        <div>; i<span class="Apple-tab-span" style="white-space:pre"> </span>j<span
            class="Apple-tab-span" style="white-space:pre"> </span>funct<span
            class="Apple-tab-span" style="white-space:pre"> </span>length<span
            class="Apple-tab-span" style="white-space:pre"> </span>force.c.</div>
        <div>1<span class="Apple-tab-span" style="white-space:pre"> </span>2<span
            class="Apple-tab-span" style="white-space:pre"> </span> 1<span
            class="Apple-tab-span" style="white-space:pre"> </span> &nbsp;
          0.09572 &nbsp; &nbsp; 502416.0&nbsp;</div>
        <div>1<span class="Apple-tab-span" style="white-space:pre"> </span>3<span
            class="Apple-tab-span" style="white-space:pre"> </span> 1 &nbsp;
          &nbsp; &nbsp; &nbsp;0.09572 &nbsp; &nbsp; 502416.0&nbsp;</div>
        <div>2 &nbsp; &nbsp; &nbsp; 3 &nbsp; &nbsp; &nbsp; 1 &nbsp; &nbsp; &nbsp; 0.15139 &nbsp; &nbsp; 502416.0&nbsp;</div>
        <div><br>
        </div>
        <div>[ exclusions ]</div>
        <div>1 &nbsp; &nbsp;2 &nbsp; &nbsp;3 &nbsp; &nbsp; 4</div>
        <div>2 &nbsp; &nbsp;1 &nbsp; &nbsp;3 &nbsp; &nbsp; 4</div>
        <div>3 &nbsp; &nbsp;1 &nbsp; &nbsp;2 &nbsp; &nbsp; 4</div>
        <div>4 &nbsp; &nbsp;1 &nbsp; &nbsp;2 &nbsp; &nbsp; 3</div>
        <div><br>
        </div>
        <div>[ virtual_sites3 ]</div>
        <div>; Dummy from<span class="Apple-tab-span"
            style="white-space:pre"> </span>funct<span
            class="Apple-tab-span" style="white-space:pre"> </span>a<span
            class="Apple-tab-span" style="white-space:pre"> </span>b</div>
        <div>4<span class="Apple-tab-span" style="white-space:pre"> </span>1<span
            class="Apple-tab-span" style="white-space:pre"> </span>2<span
            class="Apple-tab-span" style="white-space:pre"> </span>3<span
            class="Apple-tab-span" style="white-space:pre"> </span>1<span
            class="Apple-tab-span" style="white-space:pre"> </span>0.13458335087

          &nbsp; 0.13458335087</div>
        <div><br>
        </div>
        <div><br>
        </div>
        <div>[ moleculetype ]</div>
        <div>; molname &nbsp;nrexcl</div>
        <div>&nbsp; CO2 &nbsp; &nbsp;2</div>
        <div><br>
        </div>
        <div>[ atoms ]</div>
        <div>1 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; M1 &nbsp; &nbsp; &nbsp;1 &nbsp; &nbsp; &nbsp; CO2 &nbsp; &nbsp; &nbsp;M1 &nbsp; &nbsp; &nbsp;1 &nbsp; &nbsp; &nbsp; 0.00 &nbsp;
          &nbsp;22.00</div>
        <div> 2 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; M2 &nbsp; &nbsp; &nbsp;1 &nbsp; &nbsp; &nbsp; CO2 &nbsp; &nbsp; &nbsp;M2 &nbsp; &nbsp; &nbsp;1 &nbsp; &nbsp; &nbsp; 0.00 &nbsp;
          &nbsp;22.00</div>
        <div>3 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; DC &nbsp; &nbsp; &nbsp;1 &nbsp; &nbsp; &nbsp; CO2 &nbsp; &nbsp; &nbsp;CO &nbsp; &nbsp; &nbsp;1 &nbsp; &nbsp; &nbsp; 0.70 &nbsp;
          &nbsp;0.000</div>
        <div>4 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; DO &nbsp; &nbsp; &nbsp;1 &nbsp; &nbsp; &nbsp; CO2 &nbsp; &nbsp; &nbsp;OC1 &nbsp; &nbsp; 1 &nbsp; &nbsp; &nbsp;-0.35 &nbsp;
          &nbsp;0.000</div>
        <div> 5 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; DO &nbsp; &nbsp; &nbsp;1 &nbsp; &nbsp; &nbsp; CO2 &nbsp; &nbsp; &nbsp;OC2 &nbsp; &nbsp; 1 &nbsp; &nbsp; &nbsp;-0.35 &nbsp;
          &nbsp;0.000</div>
        <div><br>
        </div>
        <div><br>
        </div>
        <div>[ constraints ]</div>
        <div>1 &nbsp; &nbsp;2 &nbsp; &nbsp; &nbsp;1 &nbsp; &nbsp;0.19785026</div>
        <div><br>
        </div>
        <div><br>
        </div>
        <div>[ virtual_sites2 ]</div>
        <div>; ai &nbsp; &nbsp; aj &nbsp; &nbsp; ak &nbsp; &nbsp;funct &nbsp; &nbsp;a</div>
        <div>&nbsp; 3 &nbsp; &nbsp; &nbsp;1 &nbsp; &nbsp; &nbsp;2 &nbsp; &nbsp; 1 &nbsp; &nbsp; &nbsp; 0.50</div>
        <div>&nbsp; 4 &nbsp; &nbsp; &nbsp;1 &nbsp; &nbsp; &nbsp;2 &nbsp; &nbsp; 1 &nbsp; &nbsp; &nbsp;-0.086327900</div>
        <div>&nbsp; 5 &nbsp; &nbsp; &nbsp;1 &nbsp; &nbsp; &nbsp;2 &nbsp; &nbsp; 1 &nbsp; &nbsp; &nbsp; 1.086327913&nbsp;</div>
        <div><br>
        </div>
        <div>[ exclusions ]</div>
        <div>3 &nbsp; &nbsp; &nbsp; 4 &nbsp; &nbsp; &nbsp; 5</div>
        <div>4 &nbsp; &nbsp; &nbsp; 5 &nbsp; &nbsp; &nbsp; 3</div>
        <div>5 &nbsp; &nbsp; &nbsp; 4 &nbsp; &nbsp; &nbsp; 3</div>
        <div><br>
        </div>
        <div>[ system ]</div>
        <div>Hydrate with cages filled with carbon dioxide</div>
        <div><br>
        </div>
        <div>[ molecules ]</div>
        <div> SOL &nbsp; &nbsp;2944</div>
        <div>CO2 &nbsp; &nbsp;512</div>
        <div>TIP &nbsp; &nbsp;3641</div>
      </div>
      <div><br>
      </div>
      <div>@@@@ End topology file @@@@</div>
      <div><br>
      </div>
      <br>
    </blockquote>
    <br>
  </body>
</html>