Hi Tsjerk,<br><br>Thanks a lot for your reply. <br>But now I will ask a very naive  question.<br><br>My study involves understanding the dynamics of a group of closely related proteins. All of them are simulated for a period of 100ns each.<br>
I have also analyzed the RMSD using g_rms for all of them and it  becomes very stable after 20-30ns for all the proteins.<br>But when I do PCA I see high cosines (~0.8) for the first PC. For all the other PCs the cosine content is very low.<br>
<br>The question is  that is it appropriate to ignore the first PC and make inference about the motion of the protein by using other PCs ?<br><br><br>Thanks a lot.<br><br><br>Regards,<br><br>-Vivek Modi<br><br><div class="gmail_quote">
<blockquote class="gmail_quote" style="margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); padding-left: 1ex;">Date: Wed, 19 Oct 2011 13:58:00 +0200<br>
From: Tsjerk Wassenaar &lt;<a href="mailto:tsjerkw@gmail.com">tsjerkw@gmail.com</a>&gt;<br>
Subject: Re: [gmx-users] Reference structure for g_covar<br>
To: Discussion list for GROMACS users &lt;<a href="mailto:gmx-users@gromacs.org">gmx-users@gromacs.org</a>&gt;<br>
Message-ID:<br>
        &lt;CABzE1SjU=<a href="mailto:n78nWo%2Bo0utM7oVdWz4HbGjeyLj8x0NbweWWLzXiw@mail.gmail.com">n78nWo+o0utM7oVdWz4HbGjeyLj8x0NbweWWLzXiw@mail.gmail.com</a>&gt;<br>
Content-Type: text/plain; charset=ISO-8859-1<br>
<br>
Hi Vivek,<br>
<br>
I explained related matters in some detail on this list earlier, and<br>
would urge not to use a structure other than the average for<br>
determining the components.<br>
<br>
The results on the cosine contents can be illustrated as follows:<br>
<br>
I. Using average<br>
<br>
Imagine you&#39;re moving from place A to place B. The principal component<br>
is B-A, and the average is (A+B)/2. Your score/projection is the<br>
position relative to the average; negative on one side, positive on<br>
the other. This ends up being a straight line in one dimension, but in<br>
higher dimensions you&#39;ll get a nice half cosine.<br>
<br>
II. Using fixed reference<br>
<br>
Let&#39;s say your reference is A, then your component is still B-A, but<br>
your score/projection is now the distance from A. It starts out at<br>
zero and increases. In higher dimensional space, this would give a<br>
projection that starts out approximately linear and levels off at some<br>
point. These components are awkward, and very hard to interpret.<br>
<br>
Hope it helps,<br>
<br>
Tsjerk<br>
<br>
<br>
On Wed, Oct 19, 2011 at 10:08 AM, vivek modi &lt;<a href="mailto:modi.vivek2009@gmail.com">modi.vivek2009@gmail.com</a>&gt; wrote:<br>
&gt; Hi,<br>
&gt;<br>
&gt; I am doing Essential Dynamics on a protein (150 residues). The simulation is<br>
&gt; 100ns long and the RMSD becomes very stable after 25ns.<br>
&gt; I have gone through the mailing list archives but could not find a precise<br>
&gt; answer to the following question.<br>
&gt;<br>
&gt; When I calculate the cosine content for the first PC by taking the average<br>
&gt; structure for fitting using g_covar it gives a very high value ~.8.<br>
&gt; But when I change the reference structure to the starting structure then I<br>
&gt; get a cosine value ~.1.<br>
&gt;<br>
&gt; I also repeated the same by dividing my trajectory into two equal halves but<br>
&gt; the cosine value with average structure as a reference is always very high<br>
&gt; while it is reasonably low with starting structure taken as reference.<br>
&gt;<br>
&gt; My question is why the cosine content is dependent on the fitting<br>
&gt; structure used in g_covar?  And, especially, which structure is<br>
&gt; recommended to use in Essential Dynamics analysis ?<br>
&gt;<br>
&gt;<br>
&gt; Any help is appreciated.<br>
&gt;<br>
&gt;<br>
&gt; Thanks a lot.<br>
&gt;<br>
&gt;<br>
&gt; Regards,<br>
&gt;<br>
&gt; Vivek Modi<br>
&gt; Graduate Student,<br>
&gt; IITK.<br>
&gt;<br>
&gt; --<br>
&gt; gmx-users mailing list    <a href="mailto:gmx-users@gromacs.org">gmx-users@gromacs.org</a><br>
&gt; <a href="http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users" target="_blank">http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br>
&gt; Please search the archive at<br>
&gt; <a href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/Search" target="_blank">http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/Search</a> before posting!<br>
&gt; Please don&#39;t post (un)subscribe requests to the list. Use the<br>
&gt; www interface or send it to <a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org">gmx-users-request@gromacs.org</a>.<br>
&gt; Can&#39;t post? Read <a href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists" target="_blank">http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists</a><br>
&gt;<br>
<br>
<br>
<br>
--<br>
Tsjerk A. Wassenaar, Ph.D.<br>
<br>
post-doctoral researcher<br>
Molecular Dynamics Group<br>
* Groningen Institute for Biomolecular Research and Biotechnology<br>
* Zernike Institute for Advanced Materials<br>
University of Groningen<br>
The Netherlands<br>
<br>
<br></blockquote></div><br>