Justin,<br><br>In that way there was only one point wich was not understood for me<br><br><br>In charmm I already have lipids.rtp with the parametries for my lipids. Also I have a single molecule of my lipid.<br>How via pdb2gmx I could create parametrised itp file except of posre.itp ?<br>
<br>James<br><br><div class="gmail_quote">2011/10/21 Justin A. Lemkul <span dir="ltr">&lt;<a href="mailto:jalemkul@vt.edu">jalemkul@vt.edu</a>&gt;</span><br><blockquote class="gmail_quote" style="margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); padding-left: 1ex;">
<div class="im"><br>
<br>
James Starlight wrote:<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); padding-left: 1ex;">
I&#39;ve excluded   &quot;charmm36.ff/lipids.rtp&quot; from my topology and obtain new error<br>
Fatal error:<br>
No such moleculetype POPC<br>
<br>
How I could include topology on this lipids ( all of them are present in the lipids.rtp. ) ?<br>
I have itp for the lipids only for the GROMOS ff so it should not be used here<br>
<br>
</blockquote>
<br></div>
I presented the details of this procedure to you already:<br>
<br>
<a href="http://lists.gromacs.org/pipermail/gmx-users/2011-October/065311.html" target="_blank">http://lists.gromacs.org/<u></u>pipermail/gmx-users/2011-<u></u>October/065311.html</a><br>
<br>
-Justin<br>
<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); padding-left: 1ex;">
<br>
James<br>
<br>
<br>
2011/10/21 Mark Abraham &lt;<a href="mailto:Mark.Abraham@anu.edu.au" target="_blank">Mark.Abraham@anu.edu.au</a> &lt;mailto:<a href="mailto:Mark.Abraham@anu.edu.au" target="_blank">Mark.Abraham@anu.edu.<u></u>au</a>&gt;&gt;<div class="im">
<br>
<br>
    On 21/10/2011 5:41 PM, James Starlight wrote:<br>
<br>
        I&#39;ve also tried to make topology for my system parametriesed for<br>
        charmm36 ff by hands but failed too :(<br>
<br>
        This is my topology for the POPC bilayer wich I&#39;ve made in VMD<br>
        membrane builder as well as downloaded a pre built membrane<br>
        system ( I&#39;ve tested for both cases)<br>
<br>
        ; Include chain topologies<br>
        #include &quot;charmm36.ff/forcefield.itp&quot;<br>
<br>
        ; Include lipids<br>
        #include &quot;charmm36.ff/lipids.rtp&quot;<br>
<br>
<br>
    .rtp files may not be #included<br>
<br>
<br>
<br>
<br>
        ; Include water topology<br>
        #include &quot;/charmm36.ff/tip3p.itp&quot;<br>
<br>
<br>
    Initial backslash refers to the root of your file system, so is<br>
    likely wrong.<br>
<br>
<br>
<br>
        ; Include ion topologies<br>
        #include &quot;charmm36.ff/ions.itp&quot;<br>
<br>
        ; System specifications<br>
        [ system ]<br>
        128-Lipid POPC Bilayer in water<br>
<br>
        [ molecules ]<br>
        POPC 72<br>
<br>
        When I&#39;ve loaded my molecule to grompp I&#39;ve obtained error<br>
<br>
        Program grompp, VERSION 4.5.4<br></div>
        Source code file: /tmp/gromacs-4.5.4/src/kernel/<u></u>__toppush.c,<div class="im"><br>
        line: 770<br>
<br>
        Fatal error:<br>
        Unknown bond_atomtype 1<br>
<br>
        What does it means? Is here anybody who also tried to<br>
        parametriesed theis lipids by charmm ff ?<br>
<br>
<br>
    Don&#39;t blame the ff yet :-)<br>
<br>
    Mark<br>
    --     gmx-users mailing list    <a href="mailto:gmx-users@gromacs.org" target="_blank">gmx-users@gromacs.org</a><br></div>
    &lt;mailto:<a href="mailto:gmx-users@gromacs.org" target="_blank">gmx-users@gromacs.org</a>&gt;<br>
    <a href="http://lists.gromacs.org/__mailman/listinfo/gmx-users" target="_blank">http://lists.gromacs.org/__<u></u>mailman/listinfo/gmx-users</a><div class="im"><br>
    &lt;<a href="http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users" target="_blank">http://lists.gromacs.org/<u></u>mailman/listinfo/gmx-users</a>&gt;<br>
    Please search the archive at<br></div>
    <a href="http://www.gromacs.org/__Support/Mailing_Lists/Search" target="_blank">http://www.gromacs.org/__<u></u>Support/Mailing_Lists/Search</a><div class="im"><br>
    &lt;<a href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/Search" target="_blank">http://www.gromacs.org/<u></u>Support/Mailing_Lists/Search</a>&gt; before posting!<br>
    Please don&#39;t post (un)subscribe requests to the list. Use the www<br>
    interface or send it to <a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org" target="_blank">gmx-users-request@gromacs.org</a><br></div>
    &lt;mailto:<a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org" target="_blank">gmx-users-request@<u></u>gromacs.org</a>&gt;.<br>
    Can&#39;t post? Read <a href="http://www.gromacs.org/__Support/Mailing_Lists" target="_blank">http://www.gromacs.org/__<u></u>Support/Mailing_Lists</a><br>
    &lt;<a href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists" target="_blank">http://www.gromacs.org/<u></u>Support/Mailing_Lists</a>&gt;<br>
<br>
<br>
</blockquote>
<br>
-- <br>
==============================<u></u>==========<br>
<br>
Justin A. Lemkul<br>
Ph.D. Candidate<br>
ICTAS Doctoral Scholar<br>
MILES-IGERT Trainee<br>
Department of Biochemistry<br>
Virginia Tech<br>
Blacksburg, VA<br>
jalemkul[at]<a href="http://vt.edu" target="_blank">vt.edu</a> | (540) 231-9080<br>
<a href="http://www.bevanlab.biochem.vt.edu/Pages/Personal/justin" target="_blank">http://www.bevanlab.biochem.<u></u>vt.edu/Pages/Personal/justin</a><br>
<br>
==============================<u></u>==========<div><div></div><div class="h5"><br>
-- <br>
gmx-users mailing list    <a href="mailto:gmx-users@gromacs.org" target="_blank">gmx-users@gromacs.org</a><br>
<a href="http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users" target="_blank">http://lists.gromacs.org/<u></u>mailman/listinfo/gmx-users</a><br>
Please search the archive at <a href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/Search" target="_blank">http://www.gromacs.org/<u></u>Support/Mailing_Lists/Search</a> before posting!<br>
Please don&#39;t post (un)subscribe requests to the list. Use the www interface or send it to <a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org" target="_blank">gmx-users-request@gromacs.org</a>.<br>
Can&#39;t post? Read <a href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists" target="_blank">http://www.gromacs.org/<u></u>Support/Mailing_Lists</a><br>
</div></div></blockquote></div><br>