<br>Dear gmx users,<br><br>A simulation was performed for 50 ns with <br><br>; RUN CONTROL<br>integrator               = md<br>nsteps                   = 50000000<br>dt                       = 0.001<br>; OUTPUT CONTROL<br>

nstxout                  = 1000<br>nstvout                  = 1000<br>nstxtcout                = 0<br>nstlog                   = 100<br>nstenergy                = 100<br><br>The output produced were 0-50.edr, 0-50.trr, 0-50.log, 0-50.pdb state.cpt, state_prev.cpt. The simulation completed normally.<br>

<br>After 50 ns, I intend to extend for 4 more ns, write the trajectory file frequently with <br>; RUN CONTROL<br>integrator               = md<br>nsteps                   = 4000000<br>dt                       = 0.001<br>

; OUTPUT CONTROL<br>nstxout                  = 00<br>nstvout                  = 00<br>nstxtcout                = 10<br>nstlog                   = 500<br>nstenergy                = 10<br><br>$grompp -f md.mdp -p topol.top -o md50-54.tpr -c 0-50.pdb  -n index.ndx<br>

<br>$gmxdump -s md50-54.tpr | more<br><br>md50-54.tpr:<br>inputrec:<br>   integrator           = md<br>   nsteps               = 4000000<br>   init_step            = 0<br>   ns_type              = Grid<br>   nstlist              = 10<br>

   ndelta               = 2<br>   nstcomm              = 1<br>   comm_mode            = Linear<br>   nstlog               = 500<br>   nstxout              = 0<br>   nstvout              = 0<br>   nstfout              = 0<br>

   nstenergy            = 10<br>   nstxtcout            = 10<br>   init_t               = 0<br>   delta_t              = 0.001<br>   xtcprec              = 1000<br>   nkx                  = 22<br>   nky                  = 22<br>

   nkz                  = 40<br>   pme_order            = 4<br>   ewald_rtol           = 1e-05<br>   ewald_geometry       = 0<br>   epsilon_surface      = 0<br>   optimize_fft         = FALSE<br>   ePBC                 = xyz<br>

   bPeriodicMols        = FALSE<br>   bContinuation        = FALSE<br>   bShakeSOR            = FALSE<br>   etc                  = V-rescale<br>   epc                  = Berendsen<br>   epctype              = Isotropic<br>

   tau_p                = 1<br><br>$mdrun_mpi-4.5.5 -s md50-54.tpr -c 50-54.pdb -x 50-54.xtc -e 50-54.edr -g 50-54.log -cpi state.cpt -nice 0<br><br>state.cpt is the output of the initial 50ns run. I have used state.cpt to incorporate the velocities frm the initial run.<br>

So, I would expect my 2nd simulation to get complete after running for 4 ns. But, that was not the case. I have checked the log file. The time clearly exceeds 4ns. <br><br>$ tail -15 50-54.log <br>DD  step 54500989 load imb.: force  5.6%  pme mesh/force 0.429<br>

<br>DD  step 54500999 load imb.: force  6.0%  pme mesh/force 0.428<br><br>           Step           Time         Lambda<br>       54501000    54501.00259        0.00000<br><br>   Energies (kJ/mol)<br>           Bond          Angle    Proper Dih. Ryckaert-Bell.          LJ-14<br>

    1.82780e+02    3.37147e+02    8.77788e+01    1.92877e+01    3.90071e+01<br>     Coulomb-14        LJ (SR)   Coulomb (SR)   Coul. recip.      Potential<br>    5.96624e+02    7.91553e+04   -5.73437e+05   -2.73830e+04   -5.20402e+05<br>

    Kinetic En.   Total Energy    Temperature Pressure (bar)<br>    9.75908e+04   -4.22811e+05    2.97855e+02   -5.82198e+01<br><br>Kindly suggest what wrong am I doing. and how do I incorporate the velocity from my earlier run.<br>

<br>Chandan<br><br>--<br>Chandan kumar Choudhury<br>NCL, Pune<br>INDIA<br>