<html>
<head>
<style><!--
.hmmessage P
{
margin:0px;
padding:0px
}
body.hmmessage
{
font-size: 10pt;
font-family:Tahoma
}
--></style>
</head>
<body class='hmmessage'><div dir='ltr'>
To whomsoever it may concern,<BR>
&nbsp;<BR>
I am trying to create the tip6p itp file. In order to do that, since it is an overlap of the tip4p and tip5p model (visually)<BR>
I am trying to understand the a, b, and c values for the position of the dummy charge in the tip5p models.<BR>
&nbsp;<BR>
Below is the part of the script that is of my concern.<BR>
_________________________________________________________<BR><SPAN lang=EN-AU>
[ dummies3 ]<BR>
; The position of the dummy is computed as follows:<BR>
;<BR>
; The distance from OW to L is 0.07 nm, the geometry is tetrahedral<BR>
; (109.47 deg)<BR>
; Therefore, a = b = 0.07 * cos (109.47/2) / <STRONG>| xOH1 + xOH2 |</STRONG><BR>
; c = 0.07 * sin (109.47/2) / <STRONG>| xOH1 X xOH2 |</STRONG><BR>
; =20<BR>
;<BR>
<STRONG>; Using | xOH1 X xOH2 | = | xOH1 | | xOH2 | sin (H1-O-H2)</STRONG><BR>
<STRONG>; | xOH1 + xOH2 | = 2 | xOH1 | cos (H1-O-H2)</STRONG><BR>
; Dummy pos x4 = x1 + a*x21 + b*x31 + c*(x21 X x31)<BR>
; Dummy from funct a b c<BR>
4 1 2 3 4 -0.344908 -0.344908 -6.4437903493<BR>
5 1 2 3 4 -0.344908 -0.344908 6.4437903493<BR>
_______________________________________________________<BR>
&nbsp;<BR>
I do understand everything except the bolded bit.<BR>
&nbsp;<BR>
so far i have understood that |xOH1| is the magnitude of OH on the x-axis, but putting those values in i don't the the correct a, b, c.<BR>
I'm not good in vectors and i have had a look at the gromacs manual&nbsp; (the 3out model ni figure 4.16).<BR>
&nbsp;<BR>
I don't know where i am going wrong. <BR>
&nbsp;<BR>
I would appreciate the help thanks.<BR>
&nbsp;<BR>
&nbsp;<BR>
Thanks,<BR>
&nbsp;<BR>
Pratik Kaku<BR></SPAN>                                               </div></body>
</html>