Hi users,<br><br>Iam running a minimization on protein complex in vacuum. i have set the parameters as following-<br><br>; Lines starting with &#39;;&#39; ARE COMMENTS<br>; Everything following &#39;;&#39; is also comment<br>
<br>title        = Energy Minimization    ; Title of run<br><br>; The following line tell the program the standard locations where to find certain files<br>cpp        = /lib/cpp    ; Preprocessor<br><br><br>; Define can be used to control processes<br>
define          = -DFLEXIBLE<br><br>; Parameters describing what to do, when to stop and what to save<br>integrator    = steepest        ; Algorithm (steep = steepest descent minimization)<br>emtol        = 1000.0       ; Stop minimization when the maximum force &lt; 1.0 kJ/mol<br>
emstep      = 0.01<br>nsteps        = 50000        ; Maximum number of (minimization) steps to perform<br>nstenergy    = 1          ; Write energies to disk every nstenergy steps<br>energygrps    = Protein    ; Which energy group(s) to write to disk<br>
<br>; Parameters describing how to find the neighbors of each atom and how to calculate the interactions<br>nstxout     = 1<br>nstlist        = 10        ; Frequency to update the neighbor list and long range forces<br>ns_type        = grid      ; Method to determine neighbor list (simple, grid)<br>
rlist        = 1.0        ; Cut-off for making neighbor list (short range forces)<br>coulombtype    = cutoff       ; Treatment of long range electrostatic interactions<br>rcoulomb    = 1.0        ; long range electrostatic cut-off<br>
rvdw        = 1.4        ; long range Van der Waals cut-off<br>constraints    = none        ; Bond types to replace by constraints<br>pbc        = no            ; Periodic Boundary Conditions (yes/no)<br><br>But from this i could write only 2 frames i need to increase the time frames, what is to be changed in the parameters.<br>
<br>Thanks,<br>Aiswarya<br>