<div>Dear Gmx Users,</div>
<div> </div>
<div>I run the simulation of my protein and ligands. I specified the energy groups of each of the residue of my protein. I would like to calculate the total interaction energy:</div>
<div>V=V(electr)+V(vdw) for each residue and my ligands as a function of the distance between them. </div>
<div> </div>
<div>I am interested in the contribution of vdW and electrostatic interactions between them with respect to distance.</div>
<div>Do you have any clue which command can deal with this?</div>
<div> </div>
<div>I thought about:</div>
<div> </div>
<div>1. Using g_energy to calculate: </div>
<div> </div>
<div>SR-LJ and SR-electrostatic with respect to time</div>
<div> </div>
<div>2. g_dist of COM of ligand and each residue with respect to time.</div>
<div> </div>
<div>Am I right or is there any direct tool which will calulate it?</div>
<div> </div>
<div>Thank you,</div>
<div> </div>
<div>Steven</div>