<p>Hi Steven,</p>
<p>Output can also be .pdb or .gro</p>
<p>Cheers,</p>
<p>Tsjerk</p>
<p><blockquote type="cite">On Oct 24, 2011 3:59 PM, &quot;Steven Neumann&quot; &lt;<a href="mailto:s.neumann08@gmail.com">s.neumann08@gmail.com</a>&gt; wrote:<br><br><div>Sorry guys but I do not get this...</div>
<div> </div>
<div> </div>
<div>I used:</div>
<div><span style="font-family:&#39;Times New Roman&#39;;font-size:12pt"></span> </div>

<div><span style="font-family:&#39;Times New Roman&#39;;font-size:12pt">1. First make your molecules whole if you want them whole </span></div>

<div><span style="font-family:&#39;Times New Roman&#39;;font-size:12pt"></span> </div>

<div>
<p style="margin:0cm 0cm 0pt" class="MsoNormal"><font size="3"><font face="Times New Roman"><span style="color:#222222">trjconv </span>-f md2.trr -s md2.tpr <span style="color:#222222">-pbc whole -o md2whole.xtc  (I have chosen my whole system for input and output)</span></font></font></p>


<p style="margin:0cm 0cm 0pt" class="MsoNormal"><font size="3"><font face="Times New Roman"><span style="color:#222222"></span></font></font> </p>
<p style="margin:0cm 0cm 0pt" class="MsoNormal"><font size="3"><font face="Times New Roman"><span style="color:#222222">2. I do not need cluster anything</span></font></font></p>

<p style="margin:0cm 0cm 0pt" class="MsoNormal"><font size="3"><font face="Times New Roman"><span style="color:#222222">3. </span></font></font><font size="3"><font face="Times New Roman"><span style="color:#222222"><font color="#000000">Extract the first frame from the trajectory as reference for removing jumps if you want to remove jumps.</font></span></font></font></p>


<p style="margin:0cm 0cm 0pt" class="MsoNormal"><font size="3"><font face="Times New Roman"><span style="color:#222222"></span></font></font> </p><font size="3"><font face="Times New Roman"><span style="color:#222222">
<p style="margin:0cm 0cm 0pt" class="MsoNormal"><span style="color:#222222">trjconv </span><font color="#000000">-f md2whole.xtc -s md2.tpr </font><span style="color:#222222">-dump 0 -o md2wholeDUMP.xtc   ???</span></p>

<p style="margin:0cm 0cm 0pt" class="MsoNormal"><span style="color:#222222"></span> </p>
<p style="margin:0cm 0cm 0pt" class="MsoNormal"><span style="color:#222222">I did not obtain any coordinate file as output can be only trajectory (trr or xtc file)</span></p>

<p style="margin:0cm 0cm 0pt" class="MsoNormal"><span style="color:#222222"></span> </p>
<p style="margin:0cm 0cm 0pt" class="MsoNormal"><span style="color:#222222">4. How to use this frame in:</span></p>
<p style="margin:0cm 0cm 0pt" class="MsoNormal"><span style="color:#222222"></span> </p><span style="color:#222222">
<p style="margin:0cm 0cm 0pt" class="MsoNormal"><span style="color:#222222">trjconv </span><font color="#000000">-f md2wholeDUMP.xtc -s md2.tpr </font><span style="color:#222222">-pbc nojump -o md2wholeDUMPnojump.xtc ?????</span></p>


<p style="margin:0cm 0cm 0pt" class="MsoNormal"><span style="color:#222222"></span> </p>
<p style="margin:0cm 0cm 0pt" class="MsoNormal"><span style="color:#222222">Please, help!</span></p>
<p style="margin:0cm 0cm 0pt" class="MsoNormal"><span style="color:#222222"></span> </p><font color="#888888">
<p style="margin:0cm 0cm 0pt" class="MsoNormal"><span style="color:#222222">Steven</span></p></font></span></span></font></font>
<p style="margin:0cm 0cm 0pt" class="MsoNormal"><font size="3"><font face="Times New Roman"><span style="color:#222222"></span></font></font> </p>
<p style="margin:0cm 0cm 0pt" class="MsoNormal"><font size="3"><font face="Times New Roman"><span style="color:#222222"></span></font></font> </p><br><br></div><p><font color="#500050">On Mon, Oct 24, 2011 at 2:49 PM, Tsjerk Wassenaar &lt;<a href="mailto:tsjerkw@gmail.com">tsjerkw@gmail.com</a>&gt; wrote:
&gt;
&gt; Hi,
&gt;
&gt; You don&#39;t n...</font></p><br>--<br>
gmx-users mailing list    <a href="mailto:gmx-users@gromacs.org">gmx-users@gromacs.org</a><br>
<a href="http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users" target="_blank">http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br>
Please search the archive at <a href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/Search" target="_blank">http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/Search</a> before posting!<br>
Please don&#39;t post (un)subscribe requests to the list. Use the<br>
www interface or send it to <a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org">gmx-users-request@gromacs.org</a>.<br>
Can&#39;t post? Read <a href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists" target="_blank">http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists</a><br></blockquote></p>