<div><font face="verdana,sans-serif">Dear Gmx Users,</font></div>
<div><font face="verdana,sans-serif"> </font></div>
<div><font face="verdana,sans-serif">I am trying to convert my trajectory using trjconv.  My system is made of 10 ligands and protein. Protein is jumping </font></div>
<div><font face="verdana,sans-serif">divided into parts. The same is with my ligands. I am confused about the point 2 and 3:</font></div>
<div><font face="verdana,sans-serif"> </font></div>
<div><font face="verdana,sans-serif"> </font></div>
<div>
<p style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt 54pt" class="MsoNormal"><font face="verdana,sans-serif">2. Extract the first frame from the trajectory as reference for removing jumps if you want to remove jumps.</font></p>
<p style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt 54pt" class="MsoNormal"><font face="verdana,sans-serif"></font> </p>
<p style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt 54pt" class="MsoNormal"><font face="verdana,sans-serif">Which option of trjconv is responsible for extraction of my 1st frame?</font></p>
<p style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt 54pt" class="MsoNormal"><font face="verdana,sans-serif"></font> </p>
<p style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt 54pt" class="MsoNormal"><font face="verdana,sans-serif"><span><span style="LINE-HEIGHT: normal; FONT-VARIANT: normal; FONT-STYLE: normal; FONT-FAMILY: &#39;Times New Roman&#39;; FONT-WEIGHT: normal">3. </span></span>Remove jumps if you want to have them removed using the first frame</font></p>

<p style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt 54pt" class="MsoNormal"><font face="verdana,sans-serif"></font> </p>
<p style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt 54pt" class="MsoNormal"><font face="verdana,sans-serif">trjconv -f traj.xtc -s *.tpr -pbc nojump (how to use 1st frame here extracted from previous point?)</font></p>
<p style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt 54pt" class="MsoNormal"><font face="verdana,sans-serif"></font> </p>
<p style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt 54pt" class="MsoNormal"><font face="verdana,sans-serif"></font> </p>
<p style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt 54pt" class="MsoNormal"><font face="verdana,sans-serif">I would be really thankful!</font></p>
<p style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt 54pt" class="MsoNormal"><font face="verdana,sans-serif"></font> </p>
<p style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt 54pt" class="MsoNormal"><font face="verdana,sans-serif">Steven</font></p></div>