Justin,<br><br>I&#39;ve found the same task of MSU&#39;s students :) They simulate membrane formation without NPT stage ( after NVT they run production MD). From they reports I&#39;ve found that simplest membrane system could be formed within 10-30 Ns.  But what about try to make such simulation in vacuum at first without any water ? Might the bilayer been formed in such conditions?<br>
<br>Finally I have small question about pereodic boundaries of such bilayer system.<br><br>E.g I&#39;ve done simplest system with water consisted of 8 lipid molecules + some water.<br>This is the representation of the system <a href="http://i1209.photobucket.com/albums/cc394/own11/lipids8.png">http://i1209.photobucket.com/albums/cc394/own11/lipids8.png</a><br>
I want to simulate bilayer formation as well as concomitant hydrophobic effect ( removing all water from formed bilayer)<br>Does the PBC presented in that example ( 2.64196   2.64196   6.85002 for 8 lipids) are enought for such lipid movement? It seems that more free space aree needed for overal turn of lipid molecules. How I can calculate exactly  PBC value required for my system ?<br>
<br><br>James<br><br><div class="gmail_quote">2011/10/25 Justin A. Lemkul <span dir="ltr">&lt;<a href="mailto:jalemkul@vt.edu">jalemkul@vt.edu</a>&gt;</span><br><blockquote class="gmail_quote" style="margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); padding-left: 1ex;">
<div class="im"><br>
<br>
James Starlight wrote:<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); padding-left: 1ex;">
Justin,<br>
<br>
Could you tell me if I want to simulate self-organization of the pure lipid bilayer starting from the initial random placed molecules in water. Does this simulation need in pre-md NVT and NPT equilibration? <br>
</blockquote>
<br></div>
Some form of equilibration is always required.<div class="im"><br>
<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); padding-left: 1ex;">
What the average time for NPT? I think that If this stage should occur it must be consist of long ( tens of NS ) preequilibration.<br>
<br>
<br>
</blockquote>
<br></div>
Temperature and pressure will likely converge within a few ns, but the simulation is not equilibrated until the membrane has formed, I would say.  This is a process that can take hundreds of ns, or even us.  Check the literature for established protocols; there are reports of bilayer self-assembly already published.<br>
<font color="#888888">
<br>
-Justin</font><div><div></div><div class="h5"><br>
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<br>
Justin A. Lemkul<br>
Ph.D. Candidate<br>
ICTAS Doctoral Scholar<br>
MILES-IGERT Trainee<br>
Department of Biochemistry<br>
Virginia Tech<br>
Blacksburg, VA<br>
jalemkul[at]<a href="http://vt.edu" target="_blank">vt.edu</a> | (540) 231-9080<br>
<a href="http://www.bevanlab.biochem.vt.edu/Pages/Personal/justin" target="_blank">http://www.bevanlab.biochem.<u></u>vt.edu/Pages/Personal/justin</a><br>
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