Justin,<br><br><br>I&#39;ve forced with the problem that I could not prorerly minimized my system in the NMA conditions. Even in STEEP minimizaation I could not obtain Epot value lower than +3.00 with that parametries ( I&#39;ve used KALP peptide as a test input )<br>
<br>; Parameters describing what to do, when to stop and what to save<br>integrator    = steep        <br>emtol        = 1      ; Stop minimization when the maximum force &lt; 1.0 kJ/mol/nm<br>emstep      = 0.01      ; Energy step size<br>
nsteps        = 5000000          ; Maximum number of (minimization) steps to perform<br><br><br><br>; Parameters describing how to find the neighbors of each atom and how to calculate the interactions<br>nstlist        = 1        ; Frequency to update the neighbor list and long range forces<br>
ns_type        = grid        ; Method to determine neighbor list (simple, grid)<br>rlist        = 1.2        ; Cut-off for making neighbor list (short range forces)<br>coulombtype    = Shift    <br>rcoulomb        = 1.0<br>
rcoulomb_switch    = 0.0<br>vdwtype         = Shift<br>rvdw        = 1.0<br>rvdw_switch     = 0.0    <br><br>Than I&#39;ve tried to futher minimized this structure via  l-bfgs algorithm by <br><br>integrator    = l-bfgs<br>
dt                  =  0.01 <br>emtol        = 0.001     ;<br>emstep      = 0.1      ; Energy step size<br>nsteps        = 50000000          ; Maximum number of (minimization) steps to perform<br><br>but Epot was still big.<br>
<br>What I&#39;ve done wrong ?<br>