Dear all,<br><br>In my simulation, when the simulation box shrinks, the center of box always shift towards the origin even if the center motion is set to removed every timestep.<br>I just wonder if there is an anticipated center position for a given simulation box in gromacs. The box type is dodecahedron in my simulation.<br>
<br>My problem is how to make sure a group of atoms, such as proteins,  sit at the center of the simulation box after the simulation box become stable.<br>Current, as the center of the box floats, it is very difficult to maintain it by position restraint of the center group.<br>
<br>Thank you in advance for any suggestions!<br><br>with best wishes<br>Zhenlong<br><br>