Dear all<br><br>my system contains protein + ligand+ water molecules.<br><br>protein + ligand = solute<br><br>water molecules = solvent<br><br>I want to do minimization energy in 3 steps :<br><br>step 1) on protein only <br>
<br>step 2) on all solute (protein + ligand) <br><br>step 3) on all system<br><br>should I use position restrained minimization energy and use define =  -DPOSRES in mdp file? if so, what is my mdp file for each of 3 steps?<br>
<br><br># step 1:<br><br>??? please complete this section.<br><br># step 2:<br><br>define  = -DPOSRES_WATER<br><br># step 3:<br><br>I don&#39;t use -DPOSRES.<br><br><br>In posre.itp file, what is suitable value for force constant?<br>
<br><br>best regards<br>