Mark hello,<br><br><div class="gmail_quote">2011/10/26 Mark Abraham <span dir="ltr">&lt;<a href="mailto:Mark.Abraham@anu.edu.au">Mark.Abraham@anu.edu.au</a>&gt;</span><br><blockquote class="gmail_quote" style="margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); padding-left: 1ex;">

  
    
  
  <div bgcolor="#FFFFFF" text="#000000"><div class="im"><br>
    </div>
    We don&#39;t know the sense in which it &quot;didn&#39;t minimize properly,&quot; so
    there&#39;s not much point us guessing.<div class="im"><br>
    <br></div></div></blockquote><div>The output value for Epot was -2.0 after steep minimization and -2.5 after CG. Also as the consequense after both energy minimization runs the system told me that the system have not been minimized completely or the step size was too short ( I&#39;ve changd the step size from 0.01 in both directions as well as EMtool from 1000 to 0.1 but that results were unchanged )<br>
<br>Also during diagonalization of the Hessian the system told me that lowest six modes were not zero&#39;s in their frequensies. It&#39;s also could indicate that I&#39;ve analyzed not properly minimized structure<br><br>
<br><br>By the way I&#39;ve heard that there is possible way to extract Normal Modes from MD trajectories directly. E.g I&#39;ve simulated my protein and obtain trr file and want to extract 
from that trajectory all eigenvectors ( modes) separately.  Might it be realized in Gromacs and via what program should I do it? <br><br>James<br></div></div>