I&#39;ve used double precision. Today I&#39;ll copied output because it&#39;s done on lab comp but from the output log I&#39;ve found that minimization was not completed ( e.g when I&#39;ve calculate Normal Modes with that minimized structure I&#39;ve obtain message that my system was not minimized properly )<br>
<br><div class="gmail_quote">2011/10/26 Justin A. Lemkul <span dir="ltr">&lt;<a href="mailto:jalemkul@vt.edu">jalemkul@vt.edu</a>&gt;</span><br><blockquote class="gmail_quote" style="margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); padding-left: 1ex;">
<div class="im"><br>
<br>
James Starlight wrote:<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); padding-left: 1ex;">
Justin,<br>
<br>
<br>
I&#39;ve forced with the problem that I could not prorerly minimized my system in the NMA conditions. Even in STEEP minimizaation I could not obtain Epot value lower than +3.00 with that parametries ( I&#39;ve used KALP peptide as a test input )<br>

<br>
</blockquote>
<br></div>
The Epot value is less significant than Fmax (which is what is set in the .mdp file, anyway).  What Fmax do you achieve?  Real copied and pasted output would be useful.<div class="im"><br>
<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); padding-left: 1ex;">
; Parameters describing what to do, when to stop and what to save<br>
integrator    = steep       emtol        = 1      ; Stop minimization when the maximum force &lt; 1.0 kJ/mol/nm<br>
emstep      = 0.01      ; Energy step size<br>
nsteps        = 5000000          ; Maximum number of (minimization) steps to perform<br>
<br>
<br>
<br>
; Parameters describing how to find the neighbors of each atom and how to calculate the interactions<br>
nstlist        = 1        ; Frequency to update the neighbor list and long range forces<br>
ns_type        = grid        ; Method to determine neighbor list (simple, grid)<br>
rlist        = 1.2        ; Cut-off for making neighbor list (short range forces)<br>
coulombtype    = Shift   rcoulomb        = 1.0<br>
rcoulomb_switch    = 0.0<br>
vdwtype         = Shift<br>
rvdw        = 1.0<br>
rvdw_switch     = 0.0   <br>
Than I&#39;ve tried to futher minimized this structure via  l-bfgs algorithm by<br>
<br>
integrator    = l-bfgs<br>
dt                  =  0.01<br>
emtol        = 0.001     ;<br>
emstep      = 0.1      ; Energy step size<br>
nsteps        = 50000000          ; Maximum number of (minimization) steps to perform<br>
<br>
but Epot was still big.<br>
<br>
What I&#39;ve done wrong ?<br>
</blockquote>
<br></div>
Are you using single- or double-precision?<br><font color="#888888">
<br>
-Justin</font><div><div></div><div class="h5"><br>
<br>
-- <br>
==============================<u></u>==========<br>
<br>
Justin A. Lemkul<br>
Ph.D. Candidate<br>
ICTAS Doctoral Scholar<br>
MILES-IGERT Trainee<br>
Department of Biochemistry<br>
Virginia Tech<br>
Blacksburg, VA<br>
jalemkul[at]<a href="http://vt.edu" target="_blank">vt.edu</a> | (540) 231-9080<br>
<a href="http://www.bevanlab.biochem.vt.edu/Pages/Personal/justin" target="_blank">http://www.bevanlab.biochem.<u></u>vt.edu/Pages/Personal/justin</a><br>
<br>
==============================<u></u>==========<br>
-- <br>
gmx-users mailing list    <a href="mailto:gmx-users@gromacs.org" target="_blank">gmx-users@gromacs.org</a><br>
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</div></div></blockquote></div><br>