
<html>

  <head>

    <meta content="text/html; charset=ISO-8859-1"

      http-equiv="Content-Type">

  </head>

  <body bgcolor="#FFFFFF" text="#000000">

    On 27/10/2011 12:28 AM, Atila Petrosian wrote:

    <blockquote

cite="mid:CAON_0oUjwA6TMz9ZLAOt54rcnO3L16pFO0QEN1JqXopDJc_hAg@mail.gmail.com"

      type="cite">Dear Mark<br>

      <br>

      thanks for your reply<br>

      <br>

      you said "if pdb2gmx is able to treat the whole system in one

      pass, then it will write such position restraint<br>

      files automatically"<br>

      <br>

      in my system, what pdb2gmx includes are in below:<br>

      <br>

      ; Include forcefield parameters<br>

      #include "amber03.ff/forcefield.itp"<br>

      <br>

      ; Include chain topologies<br>

      #include "complex_Protein_chain_A.itp"<br>

      #include "complex_DNA_chain_B.itp"<br>

      <br>

      ; Include Position restraint file<br>

      #ifdef POSRES<br>

      #include "posre_Protein_chain_A.itp"<br>

      <br>

      ; Include Position restraint file<br>

      #ifdef POSRES<br>

      #include "posre_Protein_chain_B.itp"<br>

    </blockquote>

    <br>

    This is the kind of thing to which I was referring, but it appears

    you have edited your .top and removed the #endif lines that should

    match the #ifdef. Start again with pdb2gmx to generate a new .top,

    and then you will be able to choose your "define = -DPOSRES_xxx" to

    use position restraints on whichever part of the system you want

    with no need to ever touch a .top or .itp file.<br>

    <br>

    Mark<br>

    <br>

    <blockquote

cite="mid:CAON_0oUjwA6TMz9ZLAOt54rcnO3L16pFO0QEN1JqXopDJc_hAg@mail.gmail.com"

      type="cite"><br>

      ; Include water topology<br>

      #include "amber03.ff/tip3p.itp"<br>

      <br>

      #ifdef POSRES_WATER<br>

      ; Position restraint for each water oxygen<br>

      [ position_restraints ]<br>

      ;&nbsp; i funct&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; fcx&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; fcy&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; fcz<br>

      &nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1000&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1000&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1000<br>

      #endif<br>

      <br>

      ; Include topology for ions<br>

      #include "amber03.ff/ions.itp"<br>

      <br>

      [ system ]<br>

      ; Name<br>

      complex<br>

      <br>

      [ molecules ]<br>

      ; Compound&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; #mols<br>

      Protein_chain_A&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1<br>

      DNA_chain_B&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1<br>

      SOL&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 3500<br>

      <br>

      <br>

      unfortunately, I don't know about step 1.<br>

      <br>

      please guide me about that.<br>

      <br>

      <fieldset class="mimeAttachmentHeader"></fieldset>

      <br>

    </blockquote>

    <br>

  </body>

</html>