<html>
<head>
<style><!--
.hmmessage P
{
margin:0px;
padding:0px
}
body.hmmessage
{
font-size: 10pt;
font-family:Tahoma
}
--></style>
</head>
<body class='hmmessage'><div dir='ltr'>
-pbc atom<br><br><div><hr id="stopSpelling">Date: Fri, 28 Oct 2011 06:34:28 +0200<br>Subject: Re: [gmx-users] trjconv and -pbc<br>From: tsjerkw@gmail.com<br>To: gmx-users@gromacs.org<br><br>Hi Lina,<BR>
Try a _translational_ fit on the protein, follwed by a pass with -pbc nojump<BR>
Hope it helps,<BR>
Tsjerk<BR>
<BR><blockquote>On Oct 28, 2011 6:27 AM, "lina" &lt;<a href="mailto:lina.lastname@gmail.com">lina.lastname@gmail.com</a>&gt; wrote:<br><br><font color="#500050">On Fri, Oct 28, 2011 at 11:48 AM, Tsjerk Wassenaar &lt;<a href="mailto:tsjerkw@gmail.com">tsjerkw@gmail.com</a>&gt; wrote:
&gt; Hi Lina,
&gt;
&gt; Make su...</font><BR>I used the initial mdrun .tpr. After checking the generated pdb (total<br>
51 frames), the first 28/29 frames both are together, but later are<br>
separated. (the intra_fit also not work as expected).<br>
<br>
So I think at beginning the reference initial ones are together.<br>
<br>
This .xtc were trjcat together, first 200ns and then extend to 500ns,<br>
the .pdb generated used dt 10ns.<br>
&gt;<br>
&gt; Cheers,<br>
Am I wrong in some places? Actually for other trajectories I had no<br>
problem (use the same way of handling it).<br>
<br>
Thanks,<br>
<font color="#500050">&gt;
&gt; Tsjerk
&gt;
&gt; On Oct 27, 2011 11:47 AM, "lina" &lt;<a href="mailto:lina.lastname@gmail.com">lina.lastname@gmail.com</a>&gt; wrote:
&gt;
&gt; Hi,
&gt;
&gt; I have ...</font><BR></blockquote><BR>
<br>-- 
gmx-users mailing list    gmx-users@gromacs.org
http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users
Please search the archive at http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/Search before posting!
Please don't post (un)subscribe requests to the list. Use the 
www interface or send it to gmx-users-request@gromacs.org.
Can't post? Read http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists</div>                                               </div></body>
</html>