<div>Dear Gmx Users,</div>
<div> </div>
<div>I have compared average number of hbonds per time frame between my ligand and protein:</div>
<div> </div>
<div>1) Using trajectory obtained straight after simulations:</div>
<div> </div>
<div style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt" class="MsoNormal"><span style="FONT-FAMILY: &#39;Courier New&#39;; FONT-SIZE: 9pt; mso-ansi-language: EN-US" lang="EN-US">g_hbond -f md2.trr -s md2.tpr -n SystemGRP.ndx -num 91withLigandsHbond.xvg</span></div>

<div style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt" class="MsoNormal"><span style="FONT-FAMILY: &#39;Courier New&#39;; FONT-SIZE: 9pt; mso-ansi-language: EN-US" lang="EN-US"></span> </div>
<div style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt" class="MsoNormal"><span style="FONT-FAMILY: &#39;Courier New&#39;; FONT-SIZE: 9pt; mso-ansi-language: EN-US" lang="EN-US">Avergage number of hbonds: 0.146</span></div>
<div style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt" class="MsoNormal"><span style="FONT-FAMILY: &#39;Courier New&#39;; FONT-SIZE: 9pt; mso-ansi-language: EN-US" lang="EN-US"></span> </div>
<div style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt" class="MsoNormal"><span style="FONT-FAMILY: &#39;Courier New&#39;; FONT-SIZE: 9pt; mso-ansi-language: EN-US" lang="EN-US">2) Using trajectory modified by trjconv according to the PBC workflow on <a href="http://www.gromcacs.org/">www.gromcacs.org</a> :</span></div>

<div style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt" class="MsoNormal"><span style="FONT-FAMILY: &#39;Courier New&#39;; FONT-SIZE: 9pt; mso-ansi-language: EN-US" lang="EN-US"><span lang="EN"></span></span> </div>
<div style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt" class="MsoNormal"><span style="FONT-FAMILY: &#39;Courier New&#39;; FONT-SIZE: 9pt; mso-ansi-language: EN-US" lang="EN-US"><span lang="EN">g_hbond -f md2final2.xtc -s md2.tpr -n SystemGRP.ndx -num 91withLigandsHbond.xvg</span></span></div>

<div style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt" class="MsoNormal"><span style="FONT-FAMILY: &#39;Courier New&#39;; FONT-SIZE: 9pt; mso-ansi-language: EN-US" lang="EN-US"><span lang="EN"></span></span> </div>
<div style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt" class="MsoNormal"><span style="FONT-FAMILY: &#39;Courier New&#39;; FONT-SIZE: 9pt; mso-ansi-language: EN-US" lang="EN-US"><span lang="EN"><span style="FONT-FAMILY: &#39;Courier New&#39;; FONT-SIZE: 9pt; mso-ansi-language: EN-US" lang="EN-US">Avergage number of hbonds: 0.156</span></span></span></div>

<p>Does anyone know why this value changed and I obtained slightly different results?</p>
<p>Thank you,</p>
<p>Steven</p>