<br><div class="im">I understood that but how I can add that groups to termi of the bowh of my chains ?<br><br>I&#39;ve tried by -ter but pdb2gmx didnt ask me for the addition of the CAPS. May be Amber ff didnt support this feature ?<br>
<br><br>James<br>
</div><div class="gmail_quote"><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex;">
<br>
You have to build capping groups onto the termini.  See, for instance the [ACE] and [NME] groups in the .rtp file.<br>
<br>
-Justin<br>
<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">
<br>
<br></blockquote></blockquote></div>