Justin, hello!<br><br>I&#39;ve desided to make simulation of my GA peptide under GROMOS96 53A6 force field extended with Berger lipids ( on analogy to KALP simulation because both of that lipids are membrane alpha helices with similar topology )<br>
<br>About termii- As I understood you&#39;ve added ACE and NH2 termii to KALP via Amber tools software. I havent that software now but pdb2gmx under GROMOS96 53A6 force field may add only NH(2) cap to the C-end and COO(H) to the N-end instead of ACE and NH2. <br>
<br>Identified residue VAL2 as a starting terminus.<br>Identified residue TRP16 as a ending terminus.<br>8 out of 8 lines of specbond.dat converted successfully<br>Select start terminus type for VAL-2<br> 0: NH3+<br> 1: NH2<br>
 2: None<br><br>It&#39;s not quite unferstand for me why pdb2gmx add the termii in such wrong manner ( e.g ACE and other groups also contains in the .rtp of this ff). Finally why I cant chose NH(2) for the last residue and the COOH for the first ? And what difference beetwen such termii specification would be as the consequence ?<br>
<br>James<br><br>