<html>

  <head>

    <meta content="text/html; charset=ISO-8859-1"

      http-equiv="Content-Type">

  </head>

  <body text="#000000" bgcolor="#FFFFFF">

    On 30/10/2011 11:04 AM, Yun Shi wrote:

    <blockquote

cite="mid:CAHktH26b6yXShCFfQr-64rrvGavpanefW3=VjQzJk5cAMm_UCA@mail.gmail.com"

      type="cite">Hello all,<br>

      <br>

      I am using amber99SB to model an antibody with organic ligands.<br>

      <br>

      I know we could choose to restrain all atoms or only heavy atoms

      during the equilibration. But I wonder if this really matters for

      my system. As far as I know, equilibration is aimed at getting the

      temperature and pressure right, mainly for the solvent. And as

      long as we are going to do a 'real' MD production run without

      restraints, it should not matter too much how we restrained the

      antibody and ligands?<br>

    </blockquote>

    <br>

    Initial velocities are sampled from a theoretical distribution.

    Initial positions can be quite unphysical from whatever process

    created them - particularly hydrogen atoms. These can combine poorly

    in the absence of some sensible restraints. Only you can assess the

    quality of your input model.<br>

    <br>

    Mark<br>

    <br>

    <blockquote

cite="mid:CAHktH26b6yXShCFfQr-64rrvGavpanefW3=VjQzJk5cAMm_UCA@mail.gmail.com"

      type="cite">

      <br>

      I am not if I am right about this. Any suggestions?<br>

      <br>

      Thanks,<br>

      Yun

      <br>

      <fieldset class="mimeAttachmentHeader"></fieldset>

      <br>

    </blockquote>

    <br>

  </body>

</html>