<html>
  <head>
    <meta content="text/html; charset=ISO-8859-1"
      http-equiv="Content-Type">
  </head>
  <body bgcolor="#FFFFFF" text="#000000">
    There is a way to extract the PMF from sMD simulations using the
    weighted histogram analysis method (WHAM) in gromacs- Justin
    Lemkul's tutorial does a nice job of explaining it:<br>
    <br>
<a class="moz-txt-link-freetext" href="http://www.bevanlab.biochem.vt.edu/Pages/Personal/justin/gmx-tutorials/umbrella/index.html">http://www.bevanlab.biochem.vt.edu/Pages/Personal/justin/gmx-tutorials/umbrella/index.html</a><br>
    <br>
    - Laura<br>
    <br>
    <br>
    <br>
    On 10/31/2011 11:05 AM, Sanku M wrote:
    <blockquote
      cite="mid:1320073543.62955.YahooMailNeo@web114411.mail.gq1.yahoo.com"
      type="cite">
      <div style="color:#000; background-color:#fff; font-family:times
        new roman, new york, times, serif;font-size:12pt">
        <div style="font-family: 'times new roman', 'new york', times,
          serif; font-size: 12pt; ">Hi,</div>
        <div><font class="Apple-style-span" face="'times new roman',
            'new york', times, serif" size="3">&nbsp; I have done some
            steered MD simulation and I want to construct the potential
            of mean force from these pull-profile using Jarzinsky's&nbsp;</font><font
            class="Apple-style-span" face="'times new roman', 'new
            york', times, serif">inequality</font><font
            class="Apple-style-span" face="'times new roman', 'new
            york', times, serif" size="3">. I wanted to see whether, in
            updated version of gromacs, there is any implementation of
            &nbsp;extracting PMF from SMD simulations.&nbsp;</font></div>
        <div><font class="Apple-style-span" face="'times new roman',
            'new york', times, serif" size="3">If not, can anyone
            suggest some guidelines how to do it.</font></div>
        <div><font class="Apple-style-span" face="'times new roman',
            'new york', times, serif" size="3">Sanku</font></div>
      </div>
    </blockquote>
    <br>
    <pre class="moz-signature" cols="72">-- 
Laura Kingsley

Graduate Student
Medicinal Chemistry and Molecular Pharmacology
Purdue University 
Office: RHPH 504A 
575 Stadium Mall Dr.
West Lafayette, IN 47907
Office Phone: (765) 496-6643</pre>
  </body>
</html>