<div>Hi Guys,</div>
<div> </div>
<div>I am using Charmm27 ff for my protein and ligand system. I used SwissParam to generate the topology for my ligand. I included the obtained topology of my ligand as in Justin tutorial:</div>
<div> </div>
<div><span lang="EN">
<p>; Include Position restraint file</p>
<p>#ifdef POSRES</p>
<p>#include &quot;posre.itp&quot;</p>
<p>#endif</p>
<p>; Include ligand topology</p>
<p>#include &quot;ligand.itp&quot;</p>
<p>; Ligand position restraints</p>
<p>#ifdef POSRES</p>
<p>#include &quot;posre_ligand.itp&quot;</p>
<p>#endif</p>
<p>; Include water topology</p>
<p>#include &quot;charmm27.ff/tip3p.itp&quot;</p></span></div>
<div> </div>
<div>When I wanted to run NVT I obtained:</div>
<div> </div>
<div>Fatal error:<br>Syntax error - File egcg.itp, line 7<br>Last line read:<br>&#39;[ atomtypes ] &#39;<br>Invalid order for directive atomtypes</div>
<div> </div>
<div> </div>
<div>However when I included my topology as:</div>
<div> </div><span lang="EN">
<p>; Include forcefield parameters</p>
<p>#include &quot;charmm27.ff/forcefield.itp&quot;</p>
<p>#include &quot;ligand.itp&quot;</p>
<p>[ moleculetype ]</p>
<p>; Name nrexc</p>
<p>......................</p></span><span lang="EN">
<p>; Include Position restraint file</p>
<p>#ifdef POSRES</p>
<p>#include &quot;posre.itp&quot;</p>
<p>#endif</p>
<p>; Ligand position restraints</p>
<p>#ifdef POSRES</p>
<p>#include &quot;posre_egcg.itp&quot;</p>
<p>#endif</p>
<p>; Include water topology</p>
<p>#include &quot;charmm27.ff/tip3p.itp&quot;</p>
<div></div></span>,,,,
<div> </div>
<div>Everything seems to be ok! </div>
<div>Any clue why is that?</div>
<div> </div>
<div> </div>
<div>Regards,</div>
<div> </div>
<div>Steven<br></div>