Thanks a lot Tsjerk.<br>I really appreciate the help.<br><br><br><br>Regards,<br>-Vivek.<br><div class="gmail_quote"><div><br><br> </div><blockquote class="gmail_quote" style="margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); padding-left: 1ex;">

Message: 6<br>
Date: Tue, 1 Nov 2011 17:35:54 +0100<br>
From: Tsjerk Wassenaar &lt;<a href="mailto:tsjerkw@gmail.com">tsjerkw@gmail.com</a>&gt;<br>
Subject: Re: [gmx-users] PCA on secondary structure of protein.<br>
To: Discussion list for GROMACS users &lt;<a href="mailto:gmx-users@gromacs.org">gmx-users@gromacs.org</a>&gt;<br>
Message-ID:<br>
        &lt;<a href="mailto:CABzE1SisyAAwP1Wx43bygbQcfR5Wa47mto13VZHGd%2BsD7mr13g@mail.gmail.com">CABzE1SisyAAwP1Wx43bygbQcfR5Wa47mto13VZHGd+sD7mr13g@mail.gmail.com</a>&gt;<br>
Content-Type: text/plain; charset=ISO-8859-1<br>
<br>
Sure!<br>
<br>
You&#39;ll just be looking at correlations between secondary structure<br>
elements, disregarding the role that the loops may play. But it&#39;s a<br>
sound approach.<br>
<br>
:)<br>
<br>
Tsjerk<br>
<br>
On Tue, Nov 1, 2011 at 3:44 PM, vivek modi &lt;<a href="mailto:modi.vivek2009@gmail.com">modi.vivek2009@gmail.com</a>&gt; wrote:<br>
&gt; Hi,<br>
&gt;<br>
&gt; I plan to perform PCA on a globular protein which I am studying. The<br>
&gt; simulation for the same is done for 100ns.<br>
&gt; I have small doubt. Is it appropriate to perform PCA to study the movement<br>
&gt; in protein on only secondary structure elements (helices in this case).<br>
&gt; My protein contains long loops which do not play any role. Is it appropriate<br>
&gt; to group only the helices together ignoring the loops and perform PCA ?<br>
&gt;<br>
&gt; Any help is appreciated.<br>
&gt;<br>
&gt;<br>
&gt; Regards,<br>
&gt;<br>
&gt; -Vivek Modi<br>
&gt; Graduate Student<br>
&gt; IITK.<br>
&gt;<br>
&gt; --<br>
&gt; gmx-users mailing list    <a href="mailto:gmx-users@gromacs.org">gmx-users@gromacs.org</a><br>
&gt; <a href="http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users" target="_blank">http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br>
&gt; Please search the archive at<br>
&gt; <a href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/Search" target="_blank">http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/Search</a> before posting!<br>
&gt; Please don&#39;t post (un)subscribe requests to the list. Use the<br>
&gt; www interface or send it to <a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org">gmx-users-request@gromacs.org</a>.<br>
&gt; Can&#39;t post? Read <a href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists" target="_blank">http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists</a><br>
&gt;<br>
<br>
<br>
<br>
--<br>
Tsjerk A. Wassenaar, Ph.D.<br>
<br>
post-doctoral researcher<br>
Molecular Dynamics Group<br>
* Groningen Institute for Biomolecular Research and Biotechnology<br>
* Zernike Institute for Advanced Materials<br>
University of Groningen<br>
The Netherlands<br>
<br>
<br>
------------------------------<br>
<br></blockquote></div><br>