Hi,<br><br>I plan to perform PCA on a globular protein which I am studying. The simulation for the same is done for 100ns. <br>I have small doubt. Is it appropriate to perform PCA to study the movement in protein on only secondary structure elements (helices in this case).<br>
My protein contains long loops which do not play any role. Is it appropriate to group only the helices together ignoring the loops and perform PCA ?<br><br>Any help is appreciated.<br><br><br>Regards,<br><br>-Vivek Modi<br>
Graduate Student<br>IITK.<br>