<div dir="ltr"><div>Greeting <br></div><div>I wonder if my MD simulation of a monomeric enzyme in WT and 3 mutated forms has converged to equilibrium and simulation is suitable for analysis.</div><div>The 4 MD simulations are done in cubic water volume, 500 ps of steepest descent minimization , with 100 ps of NVT ensemble and 100 ps of NPT ensemble , reaching for all of them their desirable value and being stable over time</div>
<div>When doing an MD production for 10 ns with those parameter : </div><div>* constraint_algorithm = lincs</div><div>* constraints    = all-bonds</div><div>* coulombtype    = PME</div><div>* tcoupl        = V-rescale</div>
<div>* pcoupl        = Parrinello-Rahman</div><div>* pcoupltype    = isotropic</div><div><br></div><div>leading to those RMSD</div><div><a href="http://imageshack.us/photo/my-images/840/rmsd.png/">http://imageshack.us/photo/my-images/840/rmsd.png/</a></div>
<div>the first one on the upper left is wild type other are mutants.</div><div>my question is are my system in equilibrium despite those 2 spikes on 7 and 9 ns in WT RMSD , knowing that all the 4 MD had stable radius of gyration , stable potential energy , stable H bond forming and dissociation over time and reasonable H bonds under structural analysis, and if so, does those spikes mean structural changes in flexible regions that i must check for with RMSF ?</div>
<div>Thanks in advance for responding :)</div><div><br></div></div>