I m using gromacs 4.5.3 version and trying to simulate a protein in liquid media but I found problem in eqilibration step especially when I give following command:<br><font face="Arial"><font size="3"><pre><font face="Arial"><font size="3"><pre>
mdrun -deffnm nvt</pre></font></font>.After giving this command it is showing error,i.e.,<br>There is no domain decomposition for 4 nodes that is compatible with the given box and a minimum cell size of 9.02659 nm<br>Change the number of nodes or mdrun option -rdd or -dds<br>
Look in the log file for details on the domain decomposition.<br>What should I do now.Please suggest me.I tried above options also.<br><br></pre></font></font><br>