<div>Ok, ok ok :) Thank you both!</div>
<div> </div>
<div>Steven<br><br></div>
<div class="gmail_quote">On Wed, Nov 2, 2011 at 12:29 PM, Justin A. Lemkul <span dir="ltr">&lt;<a href="mailto:jalemkul@vt.edu">jalemkul@vt.edu</a>&gt;</span> wrote:<br>
<blockquote style="BORDER-LEFT: #ccc 1px solid; MARGIN: 0px 0px 0px 0.8ex; PADDING-LEFT: 1ex" class="gmail_quote">
<div>
<div></div>
<div class="h5"><br><br>Steven Neumann wrote:<br>
<blockquote style="BORDER-LEFT: #ccc 1px solid; MARGIN: 0px 0px 0px 0.8ex; PADDING-LEFT: 1ex" class="gmail_quote">Hey Justin and Gmx Users,<br> In Justin&#39;s tutorial (Protein ligand complex) the mdp files (for NVT and NPT) consists of tc_grps when you specify two groups: Protein_JZR and Water_and_ions:<br>
 tc_grps = Protein_JZ4 Water_and_ions<br> In the mdp files it is specified:<br> tc-grps     = Protein_JZ4 Water_and_ions    ; two coupling groups - more accurate<br> Will this work with &quot; - &quot; instead of &quot;_&quot; ???<br>
 <br></blockquote><br></div></div>One approach would be to try it, you&#39;ll get your answer faster than typing the email and waiting for a response ;)<br><br>grompp ignores the difference between &#39;-&#39; and &#39;_&#39; in the keywords.  I don&#39;t know about group names, but I suspect it&#39;s simpler to just use the names that exist.<br>
<br>-Justin<br><br>-- <br>==============================<u></u>==========<br><br>Justin A. Lemkul<br>Ph.D. Candidate<br>ICTAS Doctoral Scholar<br>MILES-IGERT Trainee<br>Department of Biochemistry<br>Virginia Tech<br>Blacksburg, VA<br>
jalemkul[at]<a href="http://vt.edu/" target="_blank">vt.edu</a> | <a href="tel:%28540%29%20231-9080" target="_blank" value="+15402319080">(540) 231-9080</a><br><a href="http://www.bevanlab.biochem.vt.edu/Pages/Personal/justin" target="_blank">http://www.bevanlab.biochem.<u></u>vt.edu/Pages/Personal/justin</a><br>
<br>==============================<u></u>==========<br><font color="#888888">-- <br>gmx-users mailing list    <a href="mailto:gmx-users@gromacs.org" target="_blank">gmx-users@gromacs.org</a><br><a href="http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users" target="_blank">http://lists.gromacs.org/<u></u>mailman/listinfo/gmx-users</a><br>
Please search the archive at <a href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/Search" target="_blank">http://www.gromacs.org/<u></u>Support/Mailing_Lists/Search</a> before posting!<br>Please don&#39;t post (un)subscribe requests to the list. Use the www interface or send it to <a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org" target="_blank">gmx-users-request@gromacs.org</a>.<br>
Can&#39;t post? Read <a href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists" target="_blank">http://www.gromacs.org/<u></u>Support/Mailing_Lists</a><br></font></blockquote></div><br>