<html><body><div style="color:#000; background-color:#fff; font-family:times new roman, new york, times, serif;font-size:14pt"><div><span class="Apple-style-span" style="font-family: arial, sans-serif; color: rgb(51, 51, 51); "><span class="hps"><span class="Apple-style-span" style="font-size: 18px; ">If I</span></span><span class="Apple-style-span" style="font-size: large;">&nbsp;</span><span class="hps"><span class="Apple-style-span" style="font-size: large;">do not</span></span><span class="Apple-style-span" style="font-size: large;">&nbsp;</span><span class="hps"><span class="Apple-style-span" style="font-size: large;">use for insert</span></span><span class="Apple-style-span" style="font-size: large;">&nbsp;</span><span class="hps"><span class="Apple-style-span" style="font-size: large;">ions</span></span><span class="Apple-style-span" style="font-size: large;">&nbsp;</span><span class="hps"><span class="Apple-style-span" style="font-size:
 large;">into the water</span></span><span class="hps"><span class="Apple-style-span" style="font-size: large;">&nbsp;from genion and&nbsp;</span></span></span><span class="Apple-style-span" style="font-family: arial, sans-serif; color: rgb(51, 51, 51); "><span class="hps"><span class="Apple-style-span" style="font-size: large;">Ions put</span></span><span class="Apple-style-span" style="font-size: large;">&nbsp;</span><span class="hps"><span class="Apple-style-span" style="font-size: large;">in the</span></span><span class="Apple-style-span" style="font-size: large;">&nbsp;</span><span class="hps"><span class="Apple-style-span" style="font-size: large;">file</span></span></span><span class="Apple-style-span" style="font-family: arial, sans-serif; color: rgb(51, 51, 51); "><span class="Apple-style-span" style="font-size: large;">&nbsp;pdb w</span></span><span class="Apple-style-span" style="font-family: arial, sans-serif; color: rgb(51, 51, 51); "><span
 class="Apple-style-span" style="font-size: large;">hether Gromacs n</span></span><span class="Apple-style-span" style="font-family: arial, sans-serif; color: rgb(51, 51, 51); "><span class="hps"><span class="Apple-style-span" style="font-size: large;">o problem</span></span><span class="Apple-style-span" style="font-size: large;">&nbsp;</span><span class="hps"><span class="Apple-style-span" style="font-size: 18px; ">with it ?</span></span></span></div><div><span class="Apple-style-span" style="font-family: arial, sans-serif; color: rgb(51, 51, 51); "><span class="hps"><span class="Apple-style-span" style="font-size: large;"><br></span></span></span></div><div><span class="Apple-style-span" style="font-family: arial, sans-serif; font-size: 24px; color: rgb(51, 51, 51); "><span class="hps"><span class="Apple-style-span" style="font-size: large;">Whether&nbsp;t</span><span class="hps"><span class="Apple-style-span" style="font-size:
 large;">he</span></span><span class="Apple-style-span" style="font-size: large;">&nbsp;</span><span class="hps"><span class="Apple-style-span" style="font-size: large;">behavior</span></span><span class="Apple-style-span" style="font-size: large;">&nbsp;</span><span class="hps"><span class="Apple-style-span" style="font-size: large;">of ions</span></span><span class="Apple-style-span" style="font-size: large;">&nbsp;</span><span class="hps"><span class="Apple-style-span" style="font-size: large;">such as</span></span><span class="Apple-style-span" style="font-size: large;">&nbsp;</span><span class="hps"><span class="Apple-style-span" style="font-size: large;">ions</span></span><span class="Apple-style-span" style="font-size: large;">&nbsp;</span><span class="hps"><span class="Apple-style-span" style="font-size: large;">that</span></span><span class="Apple-style-span" style="font-size: large;">&nbsp;</span><span class="hps"><span class="Apple-style-span"
 style="font-size: large;">enter</span></span><span class="Apple-style-span" style="font-size: large;">&nbsp;</span><span class="hps"><span class="Apple-style-span" style="font-size: 18px; ">via genion ?</span></span><br></span></span></div><div><span class="Apple-style-span" style="font-family: arial, sans-serif; font-size: 24px; color: rgb(51, 51, 51); "><span class="hps"><span class="hps"><span class="Apple-style-span" style="font-size: 18px; "><br></span></span></span></span></div><div><font class="Apple-style-span" color="#333333" face="arial, sans-serif" size="5"><span class="Apple-style-span" style="font-size: 18px;">4.pdb :</span></font></div><div><font class="Apple-style-span" color="#333333" face="arial, sans-serif" size="5"><span class="Apple-style-span" style="font-size: 18px;"><br></span></font></div><div><span class="Apple-style-span" style="font-family: arial, sans-serif; font-size: 24px; color: rgb(51, 51, 51); "><span class="hps"><span
 class="hps"><span class="Apple-style-span" style="font-size: 18px; "><div>ATOM &nbsp; &nbsp; &nbsp;1 &nbsp;CL &nbsp; CL &nbsp; 145 &nbsp; &nbsp; &nbsp;23.580 &nbsp;24.000 &nbsp;-0.020 &nbsp;1.00 &nbsp;0.00 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;</div><div>ATOM &nbsp; &nbsp; &nbsp;2 &nbsp;CL &nbsp; CL &nbsp; 343 &nbsp; &nbsp; &nbsp;10.530 &nbsp;15.620 &nbsp;16.980 &nbsp;1.00 &nbsp;0.00 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;</div><div>ATOM &nbsp; &nbsp; &nbsp;3 &nbsp;CL &nbsp; CL &nbsp; 344 &nbsp; &nbsp; &nbsp;16.530 &nbsp; 6.620 &nbsp;25.980 &nbsp;1.00 &nbsp;0.00 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;</div><div>ATOM &nbsp; &nbsp; &nbsp;4 &nbsp;CL &nbsp; CL &nbsp; 345 &nbsp; &nbsp; &nbsp;16.530 &nbsp;20.620 &nbsp;35.980 &nbsp;1.00 &nbsp;0.00 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;</div><div>ATOM &nbsp; &nbsp; &nbsp;5 &nbsp;CL &nbsp; CL &nbsp; 346 &nbsp; &nbsp; &nbsp;22.530 &nbsp;10.620 &nbsp;13.980 &nbsp;1.00 &nbsp;0.00 &nbsp; &nbsp; &nbsp;
 &nbsp; &nbsp; &nbsp;</div><div>ATOM &nbsp; &nbsp; &nbsp;6 &nbsp;CL &nbsp; CL &nbsp; 347 &nbsp; &nbsp; &nbsp;22.530 &nbsp;20.620 &nbsp;28.980 &nbsp;1.00 &nbsp;0.00 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;</div><div>ATOM &nbsp; &nbsp; &nbsp;7 &nbsp;CL &nbsp; CL &nbsp; 348 &nbsp; &nbsp; &nbsp;20.530 &nbsp; 8.020 &nbsp; 9.980 &nbsp;1.00 &nbsp;0.00 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;</div><div>ATOM &nbsp; &nbsp; &nbsp;8 &nbsp;Na &nbsp; Na &nbsp; 349 &nbsp; &nbsp; &nbsp;20.530 &nbsp;30.620 &nbsp;31.980 &nbsp;1.00 &nbsp;0.00 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;</div><div>ATOM &nbsp; &nbsp; &nbsp;9 &nbsp;Na &nbsp; Na &nbsp; 350 &nbsp; &nbsp; &nbsp;20.530 &nbsp; 4.620 &nbsp;29.980 &nbsp;1.00 &nbsp;0.00 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;</div><div>ATOM &nbsp; &nbsp; 10 &nbsp;Na &nbsp; Na &nbsp; 351 &nbsp; &nbsp; &nbsp;15.530 &nbsp;40.620 &nbsp; 7.980 &nbsp;1.00 &nbsp;0.00 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;</div><div>ATOM &nbsp; &nbsp; 11
 &nbsp;Na &nbsp; Na &nbsp; 352 &nbsp; &nbsp; &nbsp;15.530 &nbsp;10.620 &nbsp;19.980 &nbsp;1.00 &nbsp;0.00 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;</div><div>ATOM &nbsp; &nbsp; 12 &nbsp;Na &nbsp; Na &nbsp; 353 &nbsp; &nbsp; &nbsp;30.530 &nbsp;16.620 &nbsp;24.980 &nbsp;1.00 &nbsp;0.00 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;</div><div>ATOM &nbsp; &nbsp; 13 &nbsp;Na &nbsp; Na &nbsp; 354 &nbsp; &nbsp; &nbsp;40.530 &nbsp;15.620 &nbsp;19.980 &nbsp;1.00 &nbsp;0.00 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;</div><div>ATOM &nbsp; &nbsp; 14 &nbsp;Na &nbsp; Na &nbsp; 355 &nbsp; &nbsp; &nbsp;10.530 &nbsp;22.620 &nbsp;34.980 &nbsp;1.00 &nbsp;0.00&nbsp;</div><div><br></div><div>topol.top &nbsp;:</div><div><br></div><div><div>;</div><div>;<span class="Apple-tab-span" style="white-space:pre">        </span>File 'topol.top' was generated</div><div>;<span class="Apple-tab-span" style="white-space:pre">        </span>By user: onbekend (0)</div><div>;<span class="Apple-tab-span"
 style="white-space:pre">        </span>On host: onbekend</div><div>;<span class="Apple-tab-span" style="white-space:pre">        </span>At date: Wed Nov &nbsp;2 10:28:56 2011</div><div>;</div><div>;<span class="Apple-tab-span" style="white-space:pre">        </span>This is a standalone topology file</div><div>;</div><div>;<span class="Apple-tab-span" style="white-space:pre">        </span>It was generated using program:</div><div>;<span class="Apple-tab-span" style="white-space:pre">        </span>pdb2gmx - VERSION 4.5.5</div><div>;</div><div>;<span class="Apple-tab-span" style="white-space:pre">        </span>Command line was:</div><div>;<span class="Apple-tab-span" style="white-space:pre">        </span>pdb2gmx -f 4.pdb -posrefc 0&nbsp;</div><div>;</div><div>;<span class="Apple-tab-span" style="white-space:pre">        </span>Force field was read from the standard Gromacs share directory.</div><div>;</div><div><br></div><div>; Include forcefield parameters</div><div>#include
 "gromos53a6.ff/forcefield.itp"</div><div><br></div><div>[ moleculetype ]</div><div>; Name &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;nrexcl</div><div>Ion &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; 1</div><div><br></div><div>[ atoms ]</div><div>; &nbsp; nr &nbsp; &nbsp; &nbsp; type &nbsp;resnr residue &nbsp;atom &nbsp; cgnr &nbsp; &nbsp; charge &nbsp; &nbsp; &nbsp; mass &nbsp;typeB &nbsp; &nbsp;chargeB &nbsp; &nbsp; &nbsp;massB</div><div>; residue 145 CL &nbsp;rtp CL &nbsp; q -1.0</div><div>&nbsp;&nbsp; &nbsp; 1 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;CL- &nbsp; &nbsp;145 &nbsp; &nbsp; CL &nbsp; &nbsp; CL &nbsp; &nbsp; &nbsp;1 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; -1 &nbsp; &nbsp; 35.453 &nbsp; ; qtot -1</div><div>; residue 343 CL &nbsp;rtp CL &nbsp; q -1.0</div><div>&nbsp;&nbsp; &nbsp; 2 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;CL- &nbsp; &nbsp;343 &nbsp; &nbsp; CL &nbsp; &nbsp; CL &nbsp; &nbsp; &nbsp;2 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; -1 &nbsp; &nbsp; 35.453 &nbsp; ; qtot
 -2</div><div>; residue 344 CL &nbsp;rtp CL &nbsp; q -1.0</div><div>&nbsp;&nbsp; &nbsp; 3 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;CL- &nbsp; &nbsp;344 &nbsp; &nbsp; CL &nbsp; &nbsp; CL &nbsp; &nbsp; &nbsp;3 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; -1 &nbsp; &nbsp; 35.453 &nbsp; ; qtot -3</div><div>; residue 345 CL &nbsp;rtp CL &nbsp; q -1.0</div><div>&nbsp;&nbsp; &nbsp; 4 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;CL- &nbsp; &nbsp;345 &nbsp; &nbsp; CL &nbsp; &nbsp; CL &nbsp; &nbsp; &nbsp;4 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; -1 &nbsp; &nbsp; 35.453 &nbsp; ; qtot -4</div><div>; residue 346 CL &nbsp;rtp CL &nbsp; q -1.0</div><div>&nbsp;&nbsp; &nbsp; 5 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;CL- &nbsp; &nbsp;346 &nbsp; &nbsp; CL &nbsp; &nbsp; CL &nbsp; &nbsp; &nbsp;5 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; -1 &nbsp; &nbsp; 35.453 &nbsp; ; qtot -5</div><div>; residue 347 CL &nbsp;rtp CL &nbsp; q -1.0</div><div>&nbsp;&nbsp; &nbsp; 6 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;CL- &nbsp; &nbsp;347 &nbsp; &nbsp; CL &nbsp; &nbsp; CL &nbsp; &nbsp;
 &nbsp;6 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; -1 &nbsp; &nbsp; 35.453 &nbsp; ; qtot -6</div><div>; residue 348 CL &nbsp;rtp CL &nbsp; q -1.0</div><div>&nbsp;&nbsp; &nbsp; 7 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;CL- &nbsp; &nbsp;348 &nbsp; &nbsp; CL &nbsp; &nbsp; CL &nbsp; &nbsp; &nbsp;7 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; -1 &nbsp; &nbsp; 35.453 &nbsp; ; qtot -7</div><div>; residue 349 Na &nbsp;rtp NA &nbsp; q +1.0</div><div>&nbsp;&nbsp; &nbsp; 8 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;NA+ &nbsp; &nbsp;349 &nbsp; &nbsp; Na &nbsp; &nbsp; Na &nbsp; &nbsp; &nbsp;8 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;1 &nbsp; &nbsp;22.9898 &nbsp; ; qtot -6</div><div>; residue 350 Na &nbsp;rtp NA &nbsp; q +1.0</div><div>&nbsp;&nbsp; &nbsp; 9 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;NA+ &nbsp; &nbsp;350 &nbsp; &nbsp; Na &nbsp; &nbsp; Na &nbsp; &nbsp; &nbsp;9 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;1 &nbsp; &nbsp;22.9898 &nbsp; ; qtot -5</div><div>; residue 351 Na &nbsp;rtp NA &nbsp; q +1.0</div><div>&nbsp;&nbsp; &nbsp;10 &nbsp; &nbsp;
 &nbsp; &nbsp;NA+ &nbsp; &nbsp;351 &nbsp; &nbsp; Na &nbsp; &nbsp; Na &nbsp; &nbsp; 10 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;1 &nbsp; &nbsp;22.9898 &nbsp; ; qtot -4</div><div>; residue 352 Na &nbsp;rtp NA &nbsp; q +1.0</div><div>&nbsp;&nbsp; &nbsp;11 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;NA+ &nbsp; &nbsp;352 &nbsp; &nbsp; Na &nbsp; &nbsp; Na &nbsp; &nbsp; 11 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;1 &nbsp; &nbsp;22.9898 &nbsp; ; qtot -3</div><div>; residue 353 Na &nbsp;rtp NA &nbsp; q +1.0</div><div>&nbsp;&nbsp; &nbsp;12 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;NA+ &nbsp; &nbsp;353 &nbsp; &nbsp; Na &nbsp; &nbsp; Na &nbsp; &nbsp; 12 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;1 &nbsp; &nbsp;22.9898 &nbsp; ; qtot -2</div><div>; residue 354 Na &nbsp;rtp NA &nbsp; q +1.0</div><div>&nbsp;&nbsp; &nbsp;13 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;NA+ &nbsp; &nbsp;354 &nbsp; &nbsp; Na &nbsp; &nbsp; Na &nbsp; &nbsp; 13 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;1 &nbsp; &nbsp;22.9898 &nbsp; ; qtot -1</div><div>; residue 355 Na
 &nbsp;rtp NA &nbsp; q +1.0</div><div>&nbsp;&nbsp; &nbsp;14 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;NA+ &nbsp; &nbsp;355 &nbsp; &nbsp; Na &nbsp; &nbsp; Na &nbsp; &nbsp; 14 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;1 &nbsp; &nbsp;22.9898 &nbsp; ; qtot 0</div><div><br></div><div>; Include Position restraint file</div><div>#ifdef POSRES</div><div>#include "posre.itp"</div><div>#endif</div><div><br></div><div>; Include water topology</div><div>#include "gromos53a6.ff/spce.itp"</div><div><br></div><div>#ifdef POSRES_WATER</div><div>; Position restraint for each water oxygen</div><div>[ position_restraints ]</div><div>; &nbsp;i funct &nbsp; &nbsp; &nbsp; fcx &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;fcy &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;fcz</div><div>&nbsp;&nbsp; 1 &nbsp; &nbsp;1 &nbsp; &nbsp; &nbsp; 1000 &nbsp; &nbsp; &nbsp; 1000 &nbsp; &nbsp; &nbsp; 1000</div><div>#endif</div><div><br></div><div>; Include topology for ions</div><div>#include "gromos53a6.ff/ions.itp"</div><div><br></div><div>[ system
 ]</div><div>; Name</div><div>Protein in water</div><div><br></div><div>[ molecules ]</div><div>; Compound &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;#mols</div><div>Ion &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; 1</div><div><br></div></div><div><br></div></span></span></span></span></div></div></body></html>