<b>Dear all,<br>             I am trying to minimize the energy of the single molecule using gromacs. I tried with the following mdp <br><br>; VARIOUS PREPROCESSING OPTIONS FOR ENERGY MINIMIZATION OF ISOLATED MOLECULE<br>include                  =<br>
define                   =<br><br>; RUN CONTROL PARAMETERS<br>integrator               = steep<br>nsteps                   = 5000<br>init_step                =<br><br>; ENERGY MINIMIZATION OPTIONS<br>emtol                    = 10<br>
emstep                   = 0.01<br>nstcgsteep               =<br>nbfgscorr                =<br>nstcheckpoint            = 100<br>nstlog                   = 100<br>nstenergy                = 1<br><br>; SIMULATED ANNEALING<br>
annealing                      = no<br>annealing_npoints        =<br>annealing_time             =<br>annealing_temp            =<br> <br>But it shows the following error,<br>                                                  ERROR: The cut-off length is longer than half the shortest box vector or<br>
 longer than the smallest box diagonal element. Increase the box size or decrease rlist.<br><br> I have not included any the cut-off in the mdp file, but it still shows the error. Am I supposed to include something to mdp to run single molecule energy minimisation.<br>
<br><br>Thank you</b><br> <br><b>With Regards,<br>Ravi Kumar Venkatraman,<br>IPC Dept., IISc,<br>Bangalore, INDIA.<br><br><span style="color: rgb(0, 102, 0);">+91-9686933963.</span></b><br><br>