<div>Dear Gromacs users, </div>
<div>I&#39;m attempting to simulate a system composed of 
two proteins containing a thioester bond between the C-terminus of chain
 A and a cysteine residue from chain B.</div>
<div>I wonder if the parameters for this bond to be included in the .top
 file exist. Also, I am having troubles figuring out how to include 
them, since the thioester generates a branch between the two chains.</div>
<div>A possible strategy I have come up with is to use specbond.dat in 
order to create a bond, and then try to add by hand the parameters in 
the .top file. The problem with this would be to erase an hydroxyl group
 from the C terminus and a hydrogen atom from the sulfidrilic group. 
Also, with &quot;specbond.dat&quot; (even changing cutoffs) the target bond is not
 the only one that is created by pdb2gmx, since unfortunately another 
cisteine is closely located to a glicine residue (the same residue I 
have in C-terminus).</div>

<div>I am very grateful for any assistence you could provide.</div>