
<html><body><div style="color:#000; background-color:#fff; font-family:times new roman, new york, times, serif;font-size:12pt"><div>Dear Gromacs Users,</div><div><br></div><div>I am trying to study ligand unbinding adopting Umbrella sampling (using Gmx 4.5.3). during my initial pull to generate configurations for umbrella windows I have pulled in the -Z direction, <br></div><div>@ s0 legend "0 Z"<br>@ s1 legend "1 dZ"<br>0.0000&nbsp;&nbsp;&nbsp; 7.37361&nbsp;&nbsp;&nbsp; -0.33625<br>0.0200&nbsp;&nbsp;&nbsp; 7.37377&nbsp;&nbsp;&nbsp; -0.33631<br>0.0400&nbsp;&nbsp;&nbsp; 7.37404&nbsp;&nbsp;&nbsp; -0.33637<br>0.0600&nbsp;&nbsp;&nbsp; 7.3744&nbsp;&nbsp;&nbsp; -0.33643<br>0.0800&nbsp;&nbsp;&nbsp; 7.37473&nbsp;&nbsp;&nbsp; -0.33649</div><div>.</div><div>.</div><div>.</div><div>.</div><div>321.0800&nbsp;&nbsp;&nbsp; 7.37523&nbsp;&nbsp;&nbsp; -1.29949<br>321.1000&nbsp;&nbsp;&nbsp; 7.37442&nbsp;&nbsp;&nbsp; -1.29955<br>321.1200&nbsp;&nbsp;&nbsp;

 7.37374&nbsp;&nbsp;&nbsp; -1.29961<br>321.1400&nbsp;&nbsp;&nbsp; 7.37355&nbsp;&nbsp;&nbsp; -1.29967<br>321.1600&nbsp;&nbsp;&nbsp; 7.37404&nbsp;&nbsp;&nbsp; -1.29973<br>321.1800&nbsp;&nbsp;&nbsp; 7.37491&nbsp;&nbsp;&nbsp; -1.29979<br>321.2000&nbsp;&nbsp;&nbsp; 7.3757&nbsp;&nbsp;&nbsp; -1.29985<br>321.2200&nbsp;&nbsp;&nbsp; 7.37608&nbsp;&nbsp;&nbsp; -1.29991<br>321.2400&nbsp;&nbsp;&nbsp; 7.37595&nbsp;&nbsp;&nbsp; -1.29997<br>321.2600&nbsp;&nbsp;&nbsp; 7.37518&nbsp;&nbsp;&nbsp; -1.30003<br>321.2800&nbsp;&nbsp;&nbsp; 7.37395&nbsp;&nbsp;&nbsp; -1.30009</div><div>.</div><div>.</div><div>.(so on)<br></div><div><br></div><div>Now when I ran simulations in each umbrella windows, the PMF energies are in negative.&nbsp; My guess is that this is due to my initial setup, or is there something seriously wrong. And if i am right I should get the correct PMF by taking the negative of this PMF (or is it)??<br></div><div>-----</div><div>; Pull code&nbsp; (pulling

 simulation)<br>

pull&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = constraint<br>

pull_geometry&nbsp;&nbsp; = distance&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; <br>

pull_dim&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = N N Y<br>

pull_start&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = yes&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; <br>

pull_ngroups&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 1<br>

pull_group0&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = Protein<br>

pull_group1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = MAL<br>

pull_rate1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 0.005 &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; ; <br>

pull_k1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 1000&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; ; kJ mol^-1 nm^-2<br>

pull_nstxout&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 500&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; ; every 1 ps<br>

pull_nstfout&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 500&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; ; every 1 ps</div>

<div><br>

</div>

<div>-----<br></div><div><br></div><div>; Pull code&nbsp; (Umbrella simulation)<br>pull&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = umbrella<br>pull_geometry&nbsp;&nbsp; = distance&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; ; <br>pull_dim&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = Y Y Y<br>pull_start&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = yes&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; ; <br>pull_ngroups&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 1<br>pull_group0&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = Protein<br>pull_group1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = MAL<br>pull_rate1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 0.000&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; ; <br>pull_k1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 1000&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; ; kJ mol^-1 nm^-2<br>pull_nstxout&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 500&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; ; every 1 ps<br>pull_nstfout&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 500&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; ; every 1

 ps</div><div><br></div><div><br></div><div>Best,</div><div>nahren<br></div><div><br></div><div><br></div><div><br></div><div><br></div><div><br></div><div><br></div></div></body></html>