<div><br></div><div>Dear teacher,</div><div><br></div><div>when i do remd in the npt ensemble.</div><div>it will be bomb when it run a little time .</div><div>and the dt is 0.00144,(in my opinion ,it is small enough , in this condition , the simlution time is about one month )</div>
<div><br></div><div>how could i do except using a small dt.</div><div>thanks!!</div><div><br></div><div>step 112000, will finish Sun Dec 11 03:59:40 2011</div><div>Step 112002  Warning: pressure scaling more than 1%, mu: 48937.5 48937.5 48937.5</div>
<div><br></div><div>-------------------------------------------------------</div><div>Program mdrun_mpi_4.5.5, VERSION 4.5.5</div><div>Source code file: nsgrid.c, line: 549</div><div><br></div><div>Range checking error:</div>
<div>Explanation: During neighborsearching, we assign each particle to a grid</div><div>based on its coordinates. If your system contains collisions or parameter</div><div>errors that give particles very high velocities you might end up with some</div>
<div>coordinates being +-Infinity or NaN (not-a-number). Obviously, we cannot</div><div>put these on a grid, so this is usually where we detect those errors.</div><div>Make sure your system is properly energy-minimized and that the potential</div>
<div>energy seems reasonable before trying again.</div><div>Variable ci has value 1792617862. It should have been within [ 0 .. 330578952 ]</div><div><br></div><div>For more information and tips for troubleshooting, please check the GROMACS</div>
<div>website at <a href="http://www.gromacs.org/Documentation/Errors">http://www.gromacs.org/Documentation/Errors</a></div><div><br></div><div><br></div><div>regards,</div><div><br></div><div><span class="Apple-style-span" style="font-family: arial, sans-serif; font-size: 13px; border-collapse: collapse; color: rgb(34, 34, 34); ">Bo Du<br>
Department of Polymer Science and Engineering,<br>School of Chemical Engineering and technology,<br>Tianjin University, Weijin Road 92, Nankai District 300072,<br>Tianjin City P. R. China<br>Tel/Fax: +86-22-27404303<br>E-mail: <a href="mailto:2008dubo@gmail.com" style="color: rgb(17, 85, 204); ">2008dubo@gmail.com</a><br>
</span></div>