<html>
  <head>
    <meta content="text/html; charset=ISO-8859-1"
      http-equiv="Content-Type">
  </head>
  <body bgcolor="#FFFFFF" text="#000000">
    On 5/11/2011 1:05 AM, kirubakaran palani wrote:
    <blockquote
cite="mid:CAHo4-LPxdVQ1BefFrzM+0fv3+y3QM49yOAhOj_HpOKZ83MSPvQ@mail.gmail.com"
      type="cite">Dear All<br>
      <br>
      Could any one help me to solve this error in gromacs 4.5.5
      version. I am running dynamics on apo protein and the protein
      shows negative charge of -6 (after choosing OPLS-AA force filed)
      and when i was neutralizing the -6 with +6 and generating the
      genion.tpr file there it shows "No such moleculetype NA+" error.
      But the same protein was running with out any error message in
      gromacs 4.0.7 version.<br>
    </blockquote>
    <br>
    The naming convention has changed. See share/top/oplsa.ff/ions.itp<br>
    <br>
    Mark<br>
    <br>
    <blockquote
cite="mid:CAHo4-LPxdVQ1BefFrzM+0fv3+y3QM49yOAhOj_HpOKZ83MSPvQ@mail.gmail.com"
      type="cite">
      <br>
      The error message was given below.<br>
      <br>
      Kindly rectify the problem<br>
=======================================================================================<br>
      [student@localhost gro]$ grompp -f em.mdp -p topol.top -c
      genion.gro -o genem.tpr<br>
      <br>
      <br>
      Ignoring obsolete mdp entry 'cpp'<br>
      <br>
      Back Off! I just backed up mdout.mdp to ./#mdout.mdp.3#<br>
      Generated 332520 of the 332520 non-bonded parameter combinations<br>
      Generating 1-4 interactions: fudge = 0.5<br>
      Generated 332520 of the 332520 1-4 parameter combinations<br>
      Excluding 3 bonded neighbours molecule type 'Protein_chain_A'<br>
      Excluding 2 bonded neighbours molecule type 'SOL'<br>
      <br>
      -------------------------------------------------------<br>
      Program grompp, VERSION 4.5.5<br>
      Source code file: toppush.c, line: 1987<br>
      <br>
      Fatal error:<br>
      No such moleculetype NA+<br>
      For more information and tips for troubleshooting, please check
      the GROMACS<br>
      website at <a moz-do-not-send="true"
        href="http://www.gromacs.org/Documentation/Errors">http://www.gromacs.org/Documentation/Errors</a><br>
      -------------------------------------------------------<br>
========================================================================================<br>
      <br>
      <br>
      <br>
      Regards<br>
      <br>
      Kirubakaran P<br>
      <br>
      <br>
      <fieldset class="mimeAttachmentHeader"></fieldset>
      <br>
    </blockquote>
    <br>
  </body>
</html>