<table cellspacing="0" cellpadding="0" border="0" ><tr><td valign="top" style="font: inherit;"><P style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt" class=MsoNormal><SPAN lang=EN-US><FONT size=3><FONT face="Times New Roman">Dear all users:</FONT></FONT></SPAN></DIV>
<P style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt" class=MsoNormal><SPAN lang=EN-US><FONT size=3><FONT face="Times New Roman">According to <SPAN style="COLOR: black"><A href="http://wwwuser.gwdg.de/~ggroenh/qmmm.html#code" target=_blank><FONT color=#800080>http://wwwuser.gwdg.de/~ggroenh/qmmm.html#code</FONT></A>, I want to build qm/mm calculation by using gromacs <?xml:namespace prefix = st1 ns = "urn:schemas-microsoft-com:office:smarttags" /><st1:chsdate w:st="on" IsROCDate="False" IsLunarDate="False" Day="30" Month="12" Year="1899">4.5.3</st1:chsdate> + orca 2.8.0. I set up the BASENAME, ORCA_PATH and <SPAN style="mso-spacerun: yes">&nbsp;</SPAN></SPAN>BASENAME.ORCAINFO <SPAN style="COLOR: black">as told in the instruction. <?xml:namespace prefix = o ns = "urn:schemas-microsoft-com:office:office" /><o:p></o:p></SPAN></FONT></FONT></SPAN></DIV>
<P style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt" class=MsoNormal><SPAN style="COLOR: black" lang=EN-US><FONT size=3><FONT face="Times New Roman">BASENAME=pyp_qm<o:p></o:p></FONT></FONT></SPAN></DIV>
<P style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt" class=MsoNormal><FONT size=3><FONT face="Times New Roman"><SPAN style="COLOR: black" lang=EN-US>here is the BASENAME</SPAN><SPAN lang=EN-US>.ORCAINFO<SPAN style="COLOR: black"> file:<o:p></o:p></SPAN></SPAN></FONT></FONT></DIV>
<P style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt" class=MsoNormal><SPAN style="COLOR: black" lang=EN-US><FONT size=3><FONT face="Times New Roman">! RKS B3LYP/G SV(P) TightSCF Opt<o:p></o:p></FONT></FONT></SPAN></DIV>
<P style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt" class=MsoNormal><SPAN lang=EN-US><o:p><FONT size=3 face="Times New Roman">&nbsp;</FONT></o:p></SPAN></DIV>
<P style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt" class=MsoNormal><SPAN style="COLOR: black" lang=EN-US><FONT size=3><FONT face="Times New Roman">here is the md file:<o:p></o:p></FONT></FONT></SPAN></DIV>
<P style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt" class=MsoNormal><SPAN lang=EN-US><FONT size=3><FONT face="Times New Roman">integrator<SPAN style="mso-spacerun: yes">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; </SPAN>= md<o:p></o:p></FONT></FONT></SPAN></DIV>
<P style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt" class=MsoNormal><SPAN lang=EN-US><FONT size=3><FONT face="Times New Roman">tinit<SPAN style="mso-spacerun: yes">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; </SPAN>= 0<o:p></o:p></FONT></FONT></SPAN></DIV>
<P style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt" class=MsoNormal><SPAN lang=EN-US><FONT size=3><FONT face="Times New Roman">dt<SPAN style="mso-spacerun: yes">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; </SPAN>= 0.001<o:p></o:p></FONT></FONT></SPAN></DIV>
<P style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt" class=MsoNormal><SPAN lang=EN-US><FONT size=3><FONT face="Times New Roman">nsteps<SPAN style="mso-spacerun: yes">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; </SPAN>= 500<o:p></o:p></FONT></FONT></SPAN></DIV>
<P style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt" class=MsoNormal><SPAN lang=EN-US><FONT size=3><FONT face="Times New Roman">nstcomm<SPAN style="mso-spacerun: yes">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; </SPAN>= 1<o:p></o:p></FONT></FONT></SPAN></DIV>
<P style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt" class=MsoNormal><SPAN lang=EN-US><FONT size=3><FONT face="Times New Roman">comm_grps<SPAN style="mso-spacerun: yes">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; </SPAN>= system<o:p></o:p></FONT></FONT></SPAN></DIV>
<P style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt" class=MsoNormal><SPAN lang=EN-US><o:p><FONT size=3 face="Times New Roman">&nbsp;</FONT></o:p></SPAN></DIV>
<P style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt" class=MsoNormal><SPAN lang=EN-US><FONT size=3><FONT face="Times New Roman">emtol<SPAN style="mso-spacerun: yes">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; </SPAN>= 100.0<o:p></o:p></FONT></FONT></SPAN></DIV>
<P style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt" class=MsoNormal><SPAN lang=EN-US><FONT size=3><FONT face="Times New Roman">emstep<SPAN style="mso-spacerun: yes">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; </SPAN>= 0.001<o:p></o:p></FONT></FONT></SPAN></DIV>
<P style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt" class=MsoNormal><SPAN lang=EN-US><FONT size=3><FONT face="Times New Roman">nstcgsteep<SPAN style="mso-spacerun: yes">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; </SPAN>= 50<o:p></o:p></FONT></FONT></SPAN></DIV>
<P style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt" class=MsoNormal><SPAN lang=EN-US><o:p><FONT size=3 face="Times New Roman">&nbsp;</FONT></o:p></SPAN></DIV>
<P style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt" class=MsoNormal><SPAN lang=EN-US><FONT size=3><FONT face="Times New Roman">nstxout<SPAN style="mso-spacerun: yes">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; </SPAN>= 1<o:p></o:p></FONT></FONT></SPAN></DIV>
<P style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt" class=MsoNormal><SPAN lang=EN-US><FONT size=3><FONT face="Times New Roman">nstvout<SPAN style="mso-spacerun: yes">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; </SPAN>= 1<o:p></o:p></FONT></FONT></SPAN></DIV>
<P style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt" class=MsoNormal><SPAN lang=EN-US><FONT size=3><FONT face="Times New Roman">nstfout<SPAN style="mso-spacerun: yes">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; </SPAN>= 1<o:p></o:p></FONT></FONT></SPAN></DIV>
<P style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt" class=MsoNormal><SPAN lang=EN-US><FONT size=3><FONT face="Times New Roman">nstlog<SPAN style="mso-spacerun: yes">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; </SPAN>= 1<o:p></o:p></FONT></FONT></SPAN></DIV>
<P style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt" class=MsoNormal><SPAN lang=EN-US><FONT size=3><FONT face="Times New Roman">nstenergy<SPAN style="mso-spacerun: yes">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; </SPAN>= 1<o:p></o:p></FONT></FONT></SPAN></DIV>
<P style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt" class=MsoNormal><SPAN lang=EN-US><FONT size=3><FONT face="Times New Roman">nstxtcout<SPAN style="mso-spacerun: yes">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; </SPAN>= 1<o:p></o:p></FONT></FONT></SPAN></DIV>
<P style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt" class=MsoNormal><SPAN lang=EN-US><FONT size=3><FONT face="Times New Roman">xtc_grps<SPAN style="mso-spacerun: yes">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; </SPAN>= system<o:p></o:p></FONT></FONT></SPAN></DIV>
<P style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt" class=MsoNormal><SPAN lang=EN-US><FONT size=3><FONT face="Times New Roman">energygrps<SPAN style="mso-spacerun: yes">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; </SPAN>= QMatoms rest_Protein SOL<o:p></o:p></FONT></FONT></SPAN></DIV>
<P style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt" class=MsoNormal><SPAN lang=EN-US><o:p><FONT size=3 face="Times New Roman">&nbsp;</FONT></o:p></SPAN></DIV>
<P style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt" class=MsoNormal><SPAN lang=EN-US><FONT size=3><FONT face="Times New Roman">nstlist<SPAN style="mso-spacerun: yes">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; </SPAN>= 10<o:p></o:p></FONT></FONT></SPAN></DIV>
<P style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt" class=MsoNormal><SPAN lang=EN-US><FONT size=3><FONT face="Times New Roman">ns_type<SPAN style="mso-spacerun: yes">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; </SPAN>= grid<o:p></o:p></FONT></FONT></SPAN></DIV>
<P style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt" class=MsoNormal><SPAN lang=EN-US><FONT size=3><FONT face="Times New Roman">pbc<SPAN style="mso-spacerun: yes">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; </SPAN>= xyz<o:p></o:p></FONT></FONT></SPAN></DIV>
<P style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt" class=MsoNormal><SPAN lang=EN-US><FONT size=3><FONT face="Times New Roman">rlist<SPAN style="mso-spacerun: yes">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; </SPAN>= 1.0<o:p></o:p></FONT></FONT></SPAN></DIV>
<P style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt" class=MsoNormal><SPAN lang=EN-US><o:p><FONT size=3 face="Times New Roman">&nbsp;</FONT></o:p></SPAN></DIV>
<P style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt" class=MsoNormal><SPAN lang=EN-US><FONT size=3><FONT face="Times New Roman">coulombtype<SPAN style="mso-spacerun: yes">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; </SPAN>= cut-off<o:p></o:p></FONT></FONT></SPAN></DIV>
<P style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt" class=MsoNormal><SPAN lang=EN-US><FONT size=3><FONT face="Times New Roman">rcoulomb <SPAN style="mso-spacerun: yes">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;</SPAN>= 1.4<o:p></o:p></FONT></FONT></SPAN></DIV>
<P style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt" class=MsoNormal><SPAN lang=EN-US><FONT size=3><FONT face="Times New Roman">epsilon_r<SPAN style="mso-spacerun: yes">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; </SPAN>= 1<o:p></o:p></FONT></FONT></SPAN></DIV>
<P style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt" class=MsoNormal><SPAN lang=EN-US><FONT size=3><FONT face="Times New Roman">vdwtype<SPAN style="mso-spacerun: yes">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; </SPAN>= Cut-off<o:p></o:p></FONT></FONT></SPAN></DIV>
<P style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt" class=MsoNormal><SPAN lang=EN-US><FONT size=3><FONT face="Times New Roman">rvdw<SPAN style="mso-spacerun: yes">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; </SPAN>= 1.4<o:p></o:p></FONT></FONT></SPAN></DIV>
<P style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt" class=MsoNormal><SPAN lang=EN-US><o:p><FONT size=3 face="Times New Roman">&nbsp;</FONT></o:p></SPAN></DIV>
<P style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt" class=MsoNormal><SPAN lang=EN-US><FONT size=3><FONT face="Times New Roman">tcoupl<SPAN style="mso-spacerun: yes">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; </SPAN>= berendsen<o:p></o:p></FONT></FONT></SPAN></DIV>
<P style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt" class=MsoNormal><SPAN lang=EN-US><FONT size=3><FONT face="Times New Roman">tc-grps<SPAN style="mso-spacerun: yes">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; </SPAN>= rest_Protein SOL QMatoms<o:p></o:p></FONT></FONT></SPAN></DIV>
<P style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt" class=MsoNormal><SPAN lang=EN-US><FONT size=3><FONT face="Times New Roman">tau_t<SPAN style="mso-spacerun: yes">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; </SPAN>= 0.1 0.1 0 ; QM atoms are uncoupled<o:p></o:p></FONT></FONT></SPAN></DIV>
<P style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt" class=MsoNormal><SPAN lang=EN-US><FONT size=3><FONT face="Times New Roman">ref_t<SPAN style="mso-spacerun: yes">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; </SPAN>= 300 300 300<o:p></o:p></FONT></FONT></SPAN></DIV>
<P style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt" class=MsoNormal><SPAN lang=EN-US><FONT size=3><FONT face="Times New Roman">Pcoupl<SPAN style="mso-spacerun: yes">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; </SPAN>= Berendsen<o:p></o:p></FONT></FONT></SPAN></DIV>
<P style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt" class=MsoNormal><SPAN lang=EN-US><FONT size=3><FONT face="Times New Roman">pcoupltype<SPAN style="mso-spacerun: yes">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; </SPAN>= isotropic<o:p></o:p></FONT></FONT></SPAN></DIV>
<P style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt" class=MsoNormal><SPAN lang=EN-US><FONT size=3><FONT face="Times New Roman">tau_p<SPAN style="mso-spacerun: yes">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; </SPAN>= 1.0<o:p></o:p></FONT></FONT></SPAN></DIV>
<P style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt" class=MsoNormal><SPAN lang=EN-US><FONT size=3><FONT face="Times New Roman">compressibility<SPAN style="mso-spacerun: yes">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; </SPAN>= 4.5e-5<o:p></o:p></FONT></FONT></SPAN></DIV>
<P style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt" class=MsoNormal><SPAN lang=EN-US><FONT size=3><FONT face="Times New Roman">ref_p<SPAN style="mso-spacerun: yes">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; </SPAN>= 1.0<o:p></o:p></FONT></FONT></SPAN></DIV>
<P style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt" class=MsoNormal><SPAN lang=EN-US><o:p><FONT size=3 face="Times New Roman">&nbsp;</FONT></o:p></SPAN></DIV>
<P style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt" class=MsoNormal><SPAN lang=EN-US><FONT size=3><FONT face="Times New Roman">free_energy<SPAN style="mso-spacerun: yes">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; </SPAN>= no<o:p></o:p></FONT></FONT></SPAN></DIV>
<P style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt" class=MsoNormal><SPAN lang=EN-US><FONT size=3><FONT face="Times New Roman">init_lambda<SPAN style="mso-spacerun: yes">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; </SPAN>= 0<o:p></o:p></FONT></FONT></SPAN></DIV>
<P style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt" class=MsoNormal><SPAN lang=EN-US><FONT size=3 face="Times New Roman">delta_lambda<SPAN style="mso-spacerun: yes">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; </SPAN>= 0</FONT></SPAN></DIV>
<P style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt" class=MsoNormal><SPAN lang=EN-US><FONT size=3><FONT face="Times New Roman">QMMM<SPAN style="mso-spacerun: yes">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; </SPAN>= yes<o:p></o:p></FONT></FONT></SPAN></DIV>
<P style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt" class=MsoNormal><SPAN lang=EN-US><FONT size=3><FONT face="Times New Roman">QMMM-grps<SPAN style="mso-spacerun: yes">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; </SPAN>= QMatoms<o:p></o:p></FONT></FONT></SPAN></DIV>
<P style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt" class=MsoNormal><SPAN lang=EN-US><FONT size=3><FONT face="Times New Roman">QMmethod<SPAN style="mso-spacerun: yes">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; </SPAN>=<o:p></o:p></FONT></FONT></SPAN></DIV>
<P style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt" class=MsoNormal><SPAN lang=EN-US><FONT size=3><FONT face="Times New Roman">QMbasis<SPAN style="mso-spacerun: yes">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; </SPAN>=<o:p></o:p></FONT></FONT></SPAN></DIV>
<P style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt" class=MsoNormal><SPAN lang=EN-US><FONT size=3><FONT face="Times New Roman">QMMMscheme<SPAN style="mso-spacerun: yes">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; </SPAN>= normal<o:p></o:p></FONT></FONT></SPAN></DIV>
<P style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt" class=MsoNormal><SPAN lang=EN-US><FONT size=3><FONT face="Times New Roman">QMcharge<SPAN style="mso-spacerun: yes">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; </SPAN>= -1<o:p></o:p></FONT></FONT></SPAN></DIV>
<P style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt" class=MsoNormal><SPAN lang=EN-US><FONT size=3><FONT face="Times New Roman">CASelectrons<SPAN style="mso-spacerun: yes">&nbsp; </SPAN><SPAN style="mso-spacerun: yes">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;</SPAN>=<o:p></o:p></FONT></FONT></SPAN></DIV>
<P style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt" class=MsoNormal><SPAN lang=EN-US><FONT size=3><FONT face="Times New Roman">CASorbitals<SPAN style="mso-spacerun: yes">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; </SPAN>=<o:p></o:p></FONT></FONT></SPAN></DIV>
<P style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt" class=MsoNormal><SPAN lang=EN-US><FONT size=3><FONT face="Times New Roman">SH<SPAN style="mso-spacerun: yes">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; </SPAN>=<o:p></o:p></FONT></FONT></SPAN></DIV>
<P style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt" class=MsoNormal><SPAN lang=EN-US><o:p><FONT size=3 face="Times New Roman">&nbsp;</FONT></o:p></SPAN></DIV>
<P style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt" class=MsoNormal><SPAN lang=EN-US><FONT size=3><FONT face="Times New Roman">gen_vel<SPAN style="mso-spacerun: yes">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; </SPAN>= no<o:p></o:p></FONT></FONT></SPAN></DIV>
<P style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt" class=MsoNormal><SPAN lang=EN-US><FONT size=3><FONT face="Times New Roman">gen_temp<SPAN style="mso-spacerun: yes">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; </SPAN>= 300<o:p></o:p></FONT></FONT></SPAN></DIV>
<P style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt" class=MsoNormal><SPAN lang=EN-US><FONT size=3><FONT face="Times New Roman">gen_seed<SPAN style="mso-spacerun: yes">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; </SPAN>= 173529<o:p></o:p></FONT></FONT></SPAN></DIV>
<P style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt" class=MsoNormal><SPAN lang=EN-US><o:p><FONT size=3 face="Times New Roman">&nbsp;</FONT></o:p></SPAN></DIV>
<P style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt" class=MsoNormal><SPAN lang=EN-US><FONT size=3><FONT face="Times New Roman">constraints<SPAN style="mso-spacerun: yes">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; </SPAN>= all-bonds<o:p></o:p></FONT></FONT></SPAN></DIV>
<P style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt" class=MsoNormal><SPAN lang=EN-US><FONT size=3><FONT face="Times New Roman">constraint_algorithm<SPAN style="mso-spacerun: yes">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; </SPAN>= LINCS<o:p></o:p></FONT></FONT></SPAN></DIV>
<P style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt" class=MsoNormal><SPAN lang=EN-US><FONT size=3><FONT face="Times New Roman">unconstrained_start<SPAN style="mso-spacerun: yes">&nbsp;&nbsp; </SPAN><SPAN style="mso-spacerun: yes">&nbsp;&nbsp;&nbsp;</SPAN>= yes<o:p></o:p></FONT></FONT></SPAN></DIV>
<P style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt" class=MsoNormal><SPAN lang=EN-US><FONT size=3><FONT face="Times New Roman">shake_tol<SPAN style="mso-spacerun: yes">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; </SPAN>= 0.0001<o:p></o:p></FONT></FONT></SPAN></DIV>
<P style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt" class=MsoNormal><SPAN lang=EN-US><FONT size=3><FONT face="Times New Roman">lincs_order<SPAN style="mso-spacerun: yes">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; </SPAN>= 4<o:p></o:p></FONT></FONT></SPAN></DIV>
<P style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt" class=MsoNormal><SPAN lang=EN-US><FONT size=3><FONT face="Times New Roman">lincs_warnangle<SPAN style="mso-spacerun: yes">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; </SPAN>= 30<o:p></o:p></FONT></FONT></SPAN></DIV>
<P style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt" class=MsoNormal><SPAN lang=EN-US><FONT size=3 face="Times New Roman">morse<SPAN style="mso-spacerun: yes">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; </SPAN>= no</FONT></SPAN></DIV>
<P style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt" class=MsoNormal><SPAN lang=EN-US><FONT size=3><FONT face="Times New Roman"><SPAN style="mso-spacerun: yes">&nbsp; </SPAN>According to the <SPAN style="COLOR: black">instruction “</SPAN>In the ORCAINFO-file the method, basis set and all other ORCA-specific keywords must be given. (This also means that QMmethod and QMbasis from the mdp-file are ignored).”, the QMmethod and QMbasis are blank, </FONT></FONT></SPAN></DIV>
<P style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt" class=MsoNormal><SPAN lang=EN-US><FONT size=3><FONT face="Times New Roman"><SPAN style="mso-spacerun: yes">&nbsp;&nbsp; </SPAN>But When grompp</FONT></FONT></SPAN></DIV>
<P style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt" class=MsoNormal><SPAN lang=EN-US><FONT size=3 face="Times New Roman">grompp_c -f pyp.mdp -c pyp.gro -p pyp.top -n pyp.ndx -o pyp_qm.tpr</FONT></SPAN></DIV>
<P style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt" class=MsoNormal><SPAN lang=EN-US><FONT size=3 face="Times New Roman">……….</FONT></SPAN></DIV>
<P style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt" class=MsoNormal><SPAN lang=EN-US><FONT size=3><FONT face="Times New Roman">Fatal error:<o:p></o:p></FONT></FONT></SPAN></DIV>
<P style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt" class=MsoNormal><SPAN lang=EN-US><FONT size=3 face="Times New Roman">Invalid QMMM input: 1 groups 0 basissets and 0 methods.</FONT></SPAN></DIV>
<P style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt" class=MsoNormal><SPAN lang=EN-US><o:p><FONT size=3 face="Times New Roman">&nbsp;</FONT></o:p></SPAN></DIV>
<P style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt" class=MsoNormal><SPAN lang=EN-US><FONT size=3 face="Times New Roman">How to deal with it? Please help me!</FONT></SPAN></DIV>
<P style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt" class=MsoNormal><SPAN lang=EN-US><FONT size=3 face="Times New Roman">thank you!</FONT></SPAN></DIV><BR><BR><BR><A class=plink href="http://cn.webmessenger.yahoo.com/index.php?t=1&amp;to=eWlkPXpoYW94aWl0YzIwMDI-&amp;sig=703fa929658518b2720b087c59cd85f2dabf8844" rel=nofollow target=_blank><IMG class=pimg border=0 alt=4 src="http://opi.yahoo.com/online?u=zhaoxiitc2002&amp;t=4&amp;l=cn"></A></td></tr></table>