<html><body><div style="color:#000; background-color:#fff; font-family:times new roman, new york, times, serif;font-size:12pt"><div>Hi Gmxers,</div><div><br></div><div>I used g_hbond -n protein.ndx -hbn output.xvg <br></div><div>to get the index of all the atoms forming H-bond with the protein, <br></div><div>but since H-Bonds should be dynamic as time evolves, I should see changing number of HBonds in the output.xvg which I have not seen yet.</div><div>Kinda confused.</div><div><br></div><div>Thanks,</div><div><br></div><div>Yao&nbsp; </div></div></body></html>