<table cellspacing="0" cellpadding="0" border="0" ><tr><td valign="top" style="font: inherit;"><DIV><A class=plink href="http://cn.webmessenger.yahoo.com/index.php?t=1&amp;to=eWlkPXpoYW94aWl0YzIwMDI-&amp;sig=703fa929658518b2720b087c59cd85f2dabf8844" rel=nofollow target=_blank><IMG class=pimg border=0 alt=4 src="http://opi.yahoo.com/online?u=zhaoxiitc2002&amp;t=4&amp;l=cn"></A><BR><BR>in addition, how to write ORCAINFO?&nbsp; Is my file right?</DIV>
<DIV><BR>! RKS B3LYP/G SV(P) TightSCF Opt&nbsp; or&nbsp; RKS B3LYP/G SV(P) TightSCF Opt&nbsp; </DIV>
<DIV><BR><BR>--- <B>11年11月7日,周一, Gerrit Groenhof <I>&lt;ggroenh@gwdg.de&gt;</I></B> 写道:<BR></DIV>
<BLOCKQUOTE style="BORDER-LEFT: rgb(16,16,255) 2px solid; PADDING-LEFT: 5px; MARGIN-LEFT: 5px"><BR>发件人: Gerrit Groenhof &lt;ggroenh@gwdg.de&gt;<BR>主题: [gmx-users] Re 1. orca and qm/mm (xi zhao)<BR>收件人: gmx-users@gromacs.org<BR>日期: 2011年11月7日,周一,下午9:23<BR><BR>
<DIV class=plainMail>Try to remove these lines, or put something there. The input is ignored, but since strings are used as input (for use in multui-layer oniom), leaving blank causes an error.<BR><BR>Gerrit<BR>On 7 Nov 2011, at 14:21, <A href="http://cn.mc151.mail.yahoo.com/mc/compose?to=gmx-users-request@gromacs.org" ymailto="mailto:gmx-users-request@gromacs.org">gmx-users-request@gromacs.org</A> wrote:<BR><BR>&gt; Send gmx-users mailing list submissions to<BR>&gt; &nbsp;&nbsp;&nbsp; <A href="http://cn.mc151.mail.yahoo.com/mc/compose?to=gmx-users@gromacs.org" ymailto="mailto:gmx-users@gromacs.org">gmx-users@gromacs.org</A><BR>&gt; <BR>&gt; To subscribe or unsubscribe via the World Wide Web, visit<BR>&gt; &nbsp;&nbsp;&nbsp; <A href="http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users" target=_blank>http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</A><BR>&gt; or, via email, send a message with subject or body 'help' to<BR>&gt; &nbsp;&nbsp;&nbsp; <A
 href="http://cn.mc151.mail.yahoo.com/mc/compose?to=gmx-users-request@gromacs.org" ymailto="mailto:gmx-users-request@gromacs.org">gmx-users-request@gromacs.org</A><BR>&gt; <BR>&gt; You can reach the person managing the list at<BR>&gt; &nbsp;&nbsp;&nbsp; <A href="http://cn.mc151.mail.yahoo.com/mc/compose?to=gmx-users-owner@gromacs.org" ymailto="mailto:gmx-users-owner@gromacs.org">gmx-users-owner@gromacs.org</A><BR>&gt; <BR>&gt; When replying, please edit your Subject line so it is more specific<BR>&gt; than "Re: Contents of gmx-users digest..."<BR>&gt; <BR>&gt; <BR>&gt; Today's Topics:<BR>&gt; <BR>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;1. orca and qm/mm (xi zhao)<BR>&gt; <BR>&gt; <BR>&gt; ----------------------------------------------------------------------<BR>&gt; <BR>&gt; Message: 1<BR>&gt; Date: Mon, 7 Nov 2011 20:54:04 +0800 (CST)<BR>&gt; From: xi zhao &lt;<A href="http://cn.mc151.mail.yahoo.com/mc/compose?to=zhaoxiitc2002@yahoo.com.cn"
 ymailto="mailto:zhaoxiitc2002@yahoo.com.cn">zhaoxiitc2002@yahoo.com.cn</A>&gt;<BR>&gt; Subject: [gmx-users] orca and qm/mm<BR>&gt; To: <A href="http://cn.mc151.mail.yahoo.com/mc/compose?to=gmx-users@gromacs.org" ymailto="mailto:gmx-users@gromacs.org">gmx-users@gromacs.org</A><BR>&gt; Message-ID:<BR>&gt; &nbsp;&nbsp;&nbsp; &lt;<A href="http://cn.mc151.mail.yahoo.com/mc/compose?to=1320670444.82465.YahooMailClassic@web15103.mail.cnb.yahoo.com" ymailto="mailto:1320670444.82465.YahooMailClassic@web15103.mail.cnb.yahoo.com">1320670444.82465.YahooMailClassic@web15103.mail.cnb.yahoo.com</A>&gt;<BR>&gt; Content-Type: text/plain; charset="utf-8"<BR>&gt; <BR>&gt; All users:<BR>&gt; <BR>&gt;&nbsp; <BR>&gt; According to <A href="http://wwwuser.gwdg.de/~ggroenh/qmmm.html#code" target=_blank>http://wwwuser.gwdg.de/~ggroenh/qmmm.html#code</A>, I want to build qm/mm calculation by using gromacs 4.5.3 + orca 2.8.0. I set up the BASENAME, ORCA_PATH and&nbsp;
 BASENAME.ORCAINFO as told in the instruction. <BR>&gt; BASENAME=pyp_qm<BR>&gt; here is the BASENAME.ORCAINFO file:<BR>&gt; ! RKS B3LYP/G SV(P) TightSCF Opt<BR>&gt;&nbsp; <BR>&gt; here is the md file:<BR>&gt; integrator&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp;= md<BR>&gt; tinit&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; = 0<BR>&gt; dt&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp;= 0.001<BR>&gt; nsteps&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp;= 500<BR>&gt; nstcomm&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; = 1<BR>&gt; comm_grps&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; = system<BR>&gt;&nbsp; <BR>&gt; emtol&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; = 100.0<BR>&gt; emstep&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp;= 0.001<BR>&gt; nstcgsteep&nbsp; &nbsp;
 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp;= 50<BR>&gt;&nbsp; <BR>&gt; nstxout&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; = 1<BR>&gt; nstvout&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; = 1<BR>&gt; nstfout&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; = 1<BR>&gt; nstlog&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp;= 1<BR>&gt; nstenergy&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; = 1<BR>&gt; nstxtcout&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; = 1<BR>&gt; xtc_grps&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp;= system<BR>&gt; energygrps&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp;= QMatoms rest_Protein SOL<BR>&gt;&nbsp; <BR>&gt; nstlist&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; = 10<BR>&gt; ns_type&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; = grid<BR>&gt; pbc&nbsp; &nbsp;
 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; = xyz<BR>&gt; rlist&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; = 1.0<BR>&gt;&nbsp; <BR>&gt; coulombtype&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; = cut-off<BR>&gt; rcoulomb&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp;= 1.4<BR>&gt; epsilon_r&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; = 1<BR>&gt; vdwtype&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; = Cut-off<BR>&gt; rvdw&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp;= 1.4<BR>&gt;&nbsp; <BR>&gt; tcoupl&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp;= berendsen<BR>&gt; tc-grps&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; = rest_Protein SOL QMatoms<BR>&gt; tau_t&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; = 0.1 0.1 0 ; QM atoms are uncoupled<BR>&gt; ref_t&nbsp;
 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; = 300 300 300<BR>&gt; Pcoupl&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp;= Berendsen<BR>&gt; pcoupltype&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp;= isotropic<BR>&gt; tau_p&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; = 1.0<BR>&gt; compressibility&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; = 4.5e-5<BR>&gt; ref_p&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; = 1.0<BR>&gt;&nbsp; <BR>&gt; free_energy&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; = no<BR>&gt; init_lambda&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; = 0<BR>&gt; delta_lambda&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp;= 0<BR>&gt; QMMM&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp;= yes<BR>&gt; QMMM-grps&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; = QMatoms<BR>&gt; QMmethod&nbsp; &nbsp; &nbsp;
 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp;=<BR>&gt; QMbasis&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; =<BR>&gt; QMMMscheme&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp;= normal<BR>&gt; QMcharge&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp;= -1<BR>&gt; CASelectrons&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp;=<BR>&gt; CASorbitals&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; =<BR>&gt; SH&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp;=<BR>&gt;&nbsp; <BR>&gt; gen_vel&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; = no<BR>&gt; gen_temp&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp;= 300<BR>&gt; gen_seed&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp;= 173529<BR>&gt;&nbsp; <BR>&gt; constraints&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; = all-bonds<BR>&gt; constraint_algorithm&nbsp;
 &nbsp;&nbsp;&nbsp;= LINCS<BR>&gt; unconstrained_start&nbsp; &nbsp; &nbsp; = yes<BR>&gt; shake_tol&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; = 0.0001<BR>&gt; lincs_order&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; = 4<BR>&gt; lincs_warnangle&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; = 30<BR>&gt; morse&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; = no<BR>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;According to the instruction “In the ORCAINFO-file the method, basis set and all other ORCA-specific keywords must be given. (This also means that QMmethod and QMbasis from the mdp-file are ignored).”, the QMmethod and QMbasis are blank, <BR>&gt;&nbsp; &nbsp; But When grompp<BR>&gt; grompp_c -f pyp.mdp -c pyp.gro -p pyp.top -n pyp.ndx -o pyp_qm.tpr<BR>&gt; ……….<BR>&gt; Fatal error:<BR>&gt; Invalid QMMM input: 1 groups 0 basissets and 0 methods.<BR>&gt;&nbsp; <BR>&gt; How to deal with it? Please help me!<BR>&gt; <BR>&gt; -------------- next
 part --------------<BR>&gt; An HTML attachment was scrubbed...<BR>&gt; URL: <A href="http://lists.gromacs.org/pipermail/gmx-users/attachments/20111107/8c5c63c5/attachment-0004.html" target=_blank>http://lists.gromacs.org/pipermail/gmx-users/attachments/20111107/8c5c63c5/attachment-0004.html</A><BR>&gt; <BR>&gt; ------------------------------<BR>&gt; <BR>&gt; -- <BR>&gt; gmx-users mailing list<BR>&gt; <A href="http://cn.mc151.mail.yahoo.com/mc/compose?to=gmx-users@gromacs.org" ymailto="mailto:gmx-users@gromacs.org">gmx-users@gromacs.org</A><BR>&gt; <A href="http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users" target=_blank>http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</A><BR>&gt; Please search the archive at <A href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/Search" target=_blank>http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/Search</A> before posting!<BR>&gt; <BR>&gt; End of gmx-users Digest, Vol 91, Issue 36<BR>&gt;
 *****************************************<BR><BR>--<BR>gmx-users mailing list&nbsp; &nbsp; <A href="http://cn.mc151.mail.yahoo.com/mc/compose?to=gmx-users@gromacs.org" ymailto="mailto:gmx-users@gromacs.org">gmx-users@gromacs.org</A><BR><A href="http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users" target=_blank>http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</A><BR>Please search the archive at <A href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/Search" target=_blank>http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/Search</A> before posting!<BR>Please don't post (un)subscribe requests to the list. Use the<BR>www interface or send it to <A href="http://cn.mc151.mail.yahoo.com/mc/compose?to=gmx-users-request@gromacs.org" ymailto="mailto:gmx-users-request@gromacs.org">gmx-users-request@gromacs.org</A>.<BR>Can't post? Read <A href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists"
 target=_blank>http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists</A><BR></DIV></BLOCKQUOTE></td></tr></table>