Thanks Justin,<br><br>I must inform you that my pdb file has a modified cysteine residue having a mercury atom attached to the sulphur atom next to the residue having the atom 2700. Is the murcury atom creating any problem? I want to also know can I use amber forcefield in GROMACS for pdb files of lipid? <br>
<br><div class="gmail_quote">On Tue, Nov 8, 2011 at 5:56 PM, Justin A. Lemkul <span dir="ltr">&lt;<a href="mailto:jalemkul@vt.edu">jalemkul@vt.edu</a>&gt;</span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex;">
<div class="im"><br>
<br>
madhumita das wrote:<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">
<br>
Hi GROMACS users,<br>
<br>
    i am in the midst of simulating  a protein in water.  I have modified  a residue  in my  pdb file at position  182,  using amber and then acpype.py.  But  after running  the energy minimization step,using  em.mdp file  generated from acpype , following error comes.<br>

<br>
Steepest Descents:<br>
   Tolerance (Fmax)   =  1.00000e+03<br>
   Number of steps    =         5000<br>
Step=   17, Dmax= 1.5e-06 nm, Epot=  9.89827e+17 Fmax=         inf, atom= 2700<br>
Stepsize too small, or no change in energy.<br>
Converged to machine precision,<br>
but not to the requested precision Fmax &lt; 1000<br>
<br>
Double precision normally gives you higher accuracy.<br>
<br>
writing lowest energy coordinates.<br>
<br>
Steepest Descents converged to machine precision in 18 steps,<br>
but did not reach the requested Fmax &lt; 1000.<br>
Potential Energy  =  9.8982703e+17<br>
Maximum force     =            inf on atom 2700<br>
Norm of force     =  1.7474532e+19<br>
</blockquote>
<br></div>
An infinite force suggests severe atomic overlap.  Check the starting structure, paying close attention to atom 2700 and its surrounding environment.<br>
<br>
-Justin<br>
<br>
-- <br>
==============================<u></u>==========<br>
<br>
Justin A. Lemkul<br>
Ph.D. Candidate<br>
ICTAS Doctoral Scholar<br>
MILES-IGERT Trainee<br>
Department of Biochemistry<br>
Virginia Tech<br>
Blacksburg, VA<br>
jalemkul[at]<a href="http://vt.edu" target="_blank">vt.edu</a> | (540) 231-9080<br>
<a href="http://www.bevanlab.biochem.vt.edu/Pages/Personal/justin" target="_blank">http://www.bevanlab.biochem.<u></u>vt.edu/Pages/Personal/justin</a><br>
<br>
==============================<u></u>==========<br><font color="#888888">
-- <br>
gmx-users mailing list    <a href="mailto:gmx-users@gromacs.org" target="_blank">gmx-users@gromacs.org</a><br>
<a href="http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users" target="_blank">http://lists.gromacs.org/<u></u>mailman/listinfo/gmx-users</a><br>
Please search the archive at <a href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/Search" target="_blank">http://www.gromacs.org/<u></u>Support/Mailing_Lists/Search</a> before posting!<br>
Please don&#39;t post (un)subscribe requests to the list. Use the www interface or send it to <a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org" target="_blank">gmx-users-request@gromacs.org</a>.<br>
Can&#39;t post? Read <a href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists" target="_blank">http://www.gromacs.org/<u></u>Support/Mailing_Lists</a><br>
</font></blockquote></div><br>