<div dir="ltr">Hello,<br><br>I am studying the diffusion of a small molecule through a cyclic peptide based nanotube using pull code, here is my code for pulling,<br><br>pull            = umbrella<br>pull_geometry   = position <br>

pull_vec1       = 0 0 1<br>pull_start      = yes      <br>pull_ngroups    = 1<br>pull_group0     = Protein <br>pull_group1     = FLU<br>pull_rate1      = 0.005    <br>pull_k1         = 1000     <br><br>my reference group is a nanotube and pulling group is a small molecule. In this study, should I have to apply position restraint for the protein molecules? <br>

<br>Regards,<br>Vijay.<br></div>