
<html><body><div style="color:#000; background-color:#fff; font-family:times new roman, new york, times, serif;font-size:12pt"><div>Hello</div><div><br></div><div>I got the following error (my command is pdb2gmx -f coord.pdb -water tip3p ) : <br></div><div><br></div><div>Warning: Number of atoms in coord.pdb is 0</div><div><br>Software inconsistency error:<br>Trying to deduce atomnumbers when no pdb information is present<br></div><div><br></div><div><br></div><div>My pdb file has the following structure</div><div><br></div><div>HEADER my molecules name<br>ATOM 1&nbsp;&nbsp;&nbsp; 5.33618975678115&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -0.07916062770658&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1.39429663262701&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; n<br>ATOM 2&nbsp;&nbsp;&nbsp; 6.73371782109540&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -2.15676333272371&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.62908982963763&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; c<br>ATOM 3&nbsp;&nbsp;&nbsp;

 9.03483733311025&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -2.20332618463802&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.65509246122614&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; o<br>ATOM 4&nbsp;&nbsp;&nbsp; 5.38645647191591&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -4.30702600755030&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -0.22693721129824&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; n<br>ATOM 5&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2.79934580695015&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -4.52186897159807&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -0.44786509349390&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; c<br>ATOM 6&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1.68306568299327&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -6.40460311779204&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -1.24068079528474&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; o<br>ATOM 7&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1.48545702127742&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -2.26124629061096&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.37342878111953&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; c<br></div><div><br></div><div>The numbers are cartesian coordinates in Bohrs</div><div><br></div><div>Thanks for

 help</div><div>Regards</div><div>Lara</div></div></body></html>