<div>hi all.</div><div> I need your advice. I have marked several atoms from one chain and several atoms from another chain (about 8 from each chain), they are forming  5 h-bonding places, and now I want to stabilize the distance between this chains during the MD. Can I use com pulling distance Y Y Y for it with pull_k1 = 2000 and pull_init1 = with pull_rate1 = 0? Will it hold the initial distance all the time and how many groups I have to create? Will it be enough 2 groups (one with a selected atoms from first chain and another with atoms from the second) in the index file or I have to create sveral groups which will consist of a pairs of groups of atoms involved in h-bonding? As I understood in this way I will handle a center of mass, so the first variant is preferable. Is it true?</div>
<div> </div><div>Thank you for responce</div><div><br>-- <br></div><div style="text-align: left; font-family: arial,helvetica,sans-serif;">
<div style="text-align: right;"><font size="1"><em></em></font><font size="1"><em></em></font> </div><font size="1"><em><br><br>Nemo me impune lacessit</em></font></div><br>