Dear Justin,<br><br>I could solve that perticular error but another
problem has come, After running energy minimization, the sulphur and
mercury(GG)atoms (present in the modified residue of cysteine named CYP
at 182 position) break the bonds.<br><br><div class="gmail_quote">On Thu, Nov 10, 2011 at 7:28 PM, madhumita das <span dir="ltr">&lt;<a href="mailto:madhumita.bioinfo@gmail.com">madhumita.bioinfo@gmail.com</a>&gt;</span> wrote:<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; padding-left: 1ex;">Dear Justin,<br><br>I could resolve that perticular error but another problem has come, After running energy minimization, the sulphur and mercury(GG)atoms (present in the modified residue of cysteine named CYP at 182 position) break the bonds and become freely moving atoms. I have attached my prepared gromacs(aqp_newbox) topology(topol.top) and file obtained after energy mimization(em.gro).<br>

                                                    Please help me.<br><font color="#888888">                                                                                                   Madhumita</font><div><div></div>
<div class="h5"><br><br><div class="gmail_quote">On Tue, Nov 8, 2011 at 5:03 PM, madhumita das <span dir="ltr">&lt;<a href="mailto:madhumita.bioinfo@gmail.com" target="_blank">madhumita.bioinfo@gmail.com</a>&gt;</span> wrote:<br>

<blockquote class="gmail_quote" style="border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; padding-left: 1ex;"><br>Hi GROMACS users,<br><br>    i am in the midst of simulating  a protein in water.  I have modified  a residue  in my  pdb file at position  182,  using amber and then acpype.py.  But  after running  the energy minimization step,using  em.mdp file  generated from acpype , following error comes.<br>


<br>Steepest Descents:<br>   Tolerance (Fmax)   =  1.00000e+03<br>   Number of steps    =         5000<br>Step=   17, Dmax= 1.5e-06 nm, Epot=  9.89827e+17 Fmax=         inf, atom= 2700<br>Stepsize too small, or no change in energy.<br>


Converged to machine precision,<br>but not to the requested precision Fmax &lt; 1000<br><br>Double precision normally gives you higher accuracy.<br><br>writing lowest energy coordinates.<br><br>Steepest Descents converged to machine precision in 18 steps,<br>


but did not reach the requested Fmax &lt; 1000.<br>Potential Energy  =  9.8982703e+17<br>Maximum force     =            inf on atom 2700<br>Norm of force     =  1.7474532e+19<br> The mdp file is attached.<br><br>                                   Please help.<br>

<font color="#888888">
                                                                                                                                                                                Madhumita Das<br><br>
</font></blockquote></div><br>
</div></div></blockquote></div><br>