<table cellspacing="0" cellpadding="0" border="0" ><tr><td valign="top" style="font: inherit;"><DIV><BR>Dear Sir:</DIV>
<DIV>&nbsp; I want&nbsp;to know&nbsp;version of&nbsp;&nbsp;groamcs and orca in your the qm/mm calculation?&nbsp;are&nbsp;they in parallel&nbsp;?</DIV>
<DIV>thank you!</DIV>
<DIV><BR>&nbsp;&nbsp;<BR><BR><A class=plink href="http://cn.webmessenger.yahoo.com/index.php?t=1&amp;to=eWlkPXpoYW94aWl0YzIwMDI-&amp;sig=703fa929658518b2720b087c59cd85f2dabf8844" rel=nofollow target=_blank><IMG class=pimg border=0 alt=4 src="http://opi.yahoo.com/online?u=zhaoxiitc2002&amp;t=4&amp;l=cn"></A><BR><BR>--- <B>11年11月10日,周四, Micha Ben Achim Kunze <I>&lt;ucbtmbk@live.ucl.ac.uk&gt;</I></B> 写道:<BR></DIV>
<BLOCKQUOTE style="BORDER-LEFT: rgb(16,16,255) 2px solid; PADDING-LEFT: 5px; MARGIN-LEFT: 5px"><BR>发件人: Micha Ben Achim Kunze &lt;ucbtmbk@live.ucl.ac.uk&gt;<BR>主题: Re: [gmx-users] orca question and LA<BR>收件人: gmx-users@gromacs.org<BR>日期: 2011年11月10日,周四,下午7:35<BR><BR>
<DIV id=yiv1296686137>
<DIV>I hope you mean ./configure --with-qmmm-orca --without-qmmm-gaussian etc. <BR><BR><A class=yiv1296686137moz-txt-link-freetext href="http://wwwuser.gwdg.de/~ggroenh/qmmm.html" rel=nofollow target=_blank>http://wwwuser.gwdg.de/%7Eggroenh/qmmm.html</A> <BR><A class=yiv1296686137moz-txt-link-freetext href="http://www.dddc.ac.cn/embo04/practicals/qmmm/qmmmvacuum.html" rel=nofollow target=_blank>http://www.dddc.ac.cn/embo04/practicals/qmmm/qmmmvacuum.html</A><BR><A class=yiv1296686137moz-txt-link-abbreviated href="http://www.google.com/" rel=nofollow target=_blank>www.google.com</A><BR>etc.<BR><BR>For MPI, I can't really say as I did not get qm/mm with orca/gmx to run in parallel yet (using cp2k atm). Maybe someone else can advise you.<BR><BR>Cheers,<BR>Micha<BR><BR><BR>On 10/11/11 10:49, xi zhao wrote: 
<BLOCKQUOTE type="cite">
<TABLE border=0 cellSpacing=0 cellPadding=0>
<TBODY>
<TR>
<TD vAlign=top>
<DIV>I install gmx : ./configure --without-qmmm-orca --without-qmmm-gaussian --enable-mpi</DIV>
<DIV><FONT style="BACKGROUND-COLOR: #c7edcc">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; then make </FONT></DIV>
<DIV><FONT style="BACKGROUND-COLOR: #c7edcc">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;make install </FONT></DIV>
<DIV><FONT style="BACKGROUND-COLOR: #c7edcc">are it right?</FONT></DIV>
<DIV><BR><BR><BR><A class=yiv1296686137plink href="http://cn.webmessenger.yahoo.com/index.php?t=1&amp;to=eWlkPXpoYW94aWl0YzIwMDI-&amp;sig=703fa929658518b2720b087c59cd85f2dabf8844" rel=nofollow target=_blank><IMG class=yiv1296686137pimg border=0 alt=4 src="http://opi.yahoo.com/online?u=zhaoxiitc2002&amp;t=4&amp;l=cn"></A><BR><BR>--- <B>11年11月10日,周四, Micha Ben Achim Kunze <I><A class=yiv1296686137moz-txt-link-rfc2396E href="http://cn.mc151.mail.yahoo.com/mc/compose?to=ucbtmbk@live.ucl.ac.uk" rel=nofollow target=_blank ymailto="mailto:ucbtmbk@live.ucl.ac.uk">&lt;ucbtmbk@live.ucl.ac.uk&gt;</A></I></B> 写道:<BR></DIV>
<BLOCKQUOTE style="BORDER-LEFT: rgb(16,16,255) 2px solid; PADDING-LEFT: 5px; MARGIN-LEFT: 5px"><BR>发件人: Micha Ben Achim Kunze <A class=yiv1296686137moz-txt-link-rfc2396E href="http://cn.mc151.mail.yahoo.com/mc/compose?to=ucbtmbk@live.ucl.ac.uk" rel=nofollow target=_blank ymailto="mailto:ucbtmbk@live.ucl.ac.uk">&lt;ucbtmbk@live.ucl.ac.uk&gt;</A><BR>主题: Re: [gmx-users] orca question and LA<BR>收件人: <A class=yiv1296686137moz-txt-link-abbreviated href="http://cn.mc151.mail.yahoo.com/mc/compose?to=gmx-users@gromacs.org" rel=nofollow target=_blank ymailto="mailto:gmx-users@gromacs.org">gmx-users@gromacs.org</A><BR>日期: 2011年11月10日,周四,下午4:47<BR><BR>
<DIV id=yiv1296686137>
<DIV>Hey there,<BR><BR>my last mail got stuck as it was a bit too large it seems. As I wrote earlier there should be NO coordinates in the infofile... It looks like you have a problem with gmx not preparing a correct .inp file which should include keywords from the infofile, the coordinates of the QMsubsystem and pointcharges (depending on the method you use). Are you sure everything is compiled correct and that you specified your virtual atoms correctly for your force field (and with correct positions/constrains)? Have a look if gmx actually creates an .inp file and if yes what it includes.<BR><BR>Again, you should go through Gerrit's tutorials, they should get you going. There are also instructions on how to set up LAs for different force fields.<BR><BR>Cheers,<BR>Micha<BR>On 10/11/11 01:19, xi zhao wrote: 
<BLOCKQUOTE type="cite">
<TABLE border=0 cellSpacing=0 cellPadding=0>
<TBODY>
<TR>
<TD vAlign=top><BR>
<P style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt" class=yiv1296686137MsoNormal><SPAN lang=EN-US><FONT size=3 face="Times New&#13;&#10;                                    Roman">Dear Sir:</FONT></SPAN> </DIV>
<P style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt" class=yiv1296686137MsoNormal><SPAN lang=EN-US><FONT size=3><FONT face="Times New Roman"><SPAN>&nbsp; </SPAN>How to write a correct BASENAME.ORCAINFO file? According to the <SPAN style="COLOR: black">instruction “</SPAN>In the ORCAINFO-file the method, basis set and all other ORCA-specific keywords must be given.” It means that BASENAME.ORCAINFO may not contain coordinates of QMatoms part, but when groamcs-ORCA runs , it has errors: Calling '/home/user/orca_x86_64_exe_r2131/orca pyp_qm.inp &gt;&gt; pyp_qm.out'</FONT></FONT></SPAN> </DIV>
<P style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt" class=yiv1296686137MsoNormal><SPAN lang=EN-US><FONT size=3 face="Times New&#13;&#10;                                    Roman">No atoms to convert in Cartesian2Internal" ; </FONT></SPAN></DIV>
<P style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt" class=yiv1296686137MsoNormal><SPAN lang=EN-US><FONT size=3 face="Times New&#13;&#10;                                    Roman">When BASENAME.ORCAINFO has coordinates of QMatoms part, ORCA cannot recognizes the LA (gromacs dummy atom) in the QMatoms , how to deal with LA , delete LA in the BASENAME.ORCAINFO? In fact,&nbsp;the stand-alone version of Orca can normally calculates it. Of course, LA must modified!</FONT></SPAN> </DIV>
<P style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt" class=yiv1296686137MsoNormal><SPAN lang=EN-US><FONT size=3 face="Times New&#13;&#10;                                    Roman">&nbsp;</FONT></SPAN> </DIV>
<P style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt" class=yiv1296686137MsoNormal><SPAN lang=EN-US><FONT size=3 face="Times New&#13;&#10;                                    Roman">Kind regards!</FONT></SPAN> </DIV>
<P style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt" class=yiv1296686137MsoNormal><SPAN lang=EN-US><FONT size=3 face="Times New&#13;&#10;                                    Roman">&nbsp;</FONT></SPAN><BR><BR><A class=yiv1296686137plink href="http://cn.webmessenger.yahoo.com/index.php?t=1&amp;to=eWlkPXpoYW94aWl0YzIwMDI-&amp;sig=703fa929658518b2720b087c59cd85f2dabf8844" rel=nofollow target=_blank><IMG class=yiv1296686137pimg border=0 alt=4 src="http://opi.yahoo.com/online?u=zhaoxiitc2002&amp;t=4&amp;l=cn"></A></DIV></TD></TR></TBODY></TABLE><BR>
<FIELDSET class=yiv1296686137mimeAttachmentHeader></FIELDSET> <BR></BLOCKQUOTE><BR></DIV></DIV><BR>-----下面为附件内容-----<BR><BR>
<DIV class=yiv1296686137plainMail>-- <BR>gmx-users mailing list&nbsp; &nbsp; <A href="http://cn.mc151.mail.yahoo.com/mc/compose?to=gmx-users@gromacs.org" rel=nofollow target=_blank>gmx-users@gromacs.org</A><BR><A href="http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users" rel=nofollow target=_blank>http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</A><BR>Please search the archive at <A href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/Search" rel=nofollow target=_blank>http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/Search</A> before posting!<BR>Please don't post (un)subscribe requests to the list. Use the <BR>www interface or send it to <A href="http://cn.mc151.mail.yahoo.com/mc/compose?to=gmx-users-request@gromacs.org" rel=nofollow target=_blank>gmx-users-request@gromacs.org</A>.<BR>Can't post? Read <A href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists" rel=nofollow
 target=_blank>http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists</A></DIV></BLOCKQUOTE></TD></TR></TBODY></TABLE><BR>
<FIELDSET class=yiv1296686137mimeAttachmentHeader></FIELDSET> <BR></BLOCKQUOTE><BR></DIV></DIV><BR>-----下面为附件内容-----<BR><BR>
<DIV class=plainMail>-- <BR>gmx-users mailing list&nbsp; &nbsp; <A href="http://cn.mc151.mail.yahoo.com/mc/compose?to=gmx-users@gromacs.org" ymailto="mailto:gmx-users@gromacs.org">gmx-users@gromacs.org</A><BR><A href="http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users" target=_blank>http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</A><BR>Please search the archive at <A href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/Search" target=_blank>http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/Search</A> before posting!<BR>Please don't post (un)subscribe requests to the list. Use the <BR>www interface or send it to <A href="http://cn.mc151.mail.yahoo.com/mc/compose?to=gmx-users-request@gromacs.org" ymailto="mailto:gmx-users-request@gromacs.org">gmx-users-request@gromacs.org</A>.<BR>Can't post? Read <A href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists" target=_blank>http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists</A></DIV></BLOCKQUOTE></td></tr></table>